Оставляя Марию Стюарт в Англии, Елизавета получила серьезный рычаг для воздействия на шотландское правительство. Однако это преимущество не шло ни в какое сравнение с неудобствами, которые проистекали от того, что Мария стала центром притяжения для всех противников Елизаветы. Нельзя забывать, что значительная часть английского населения, в том числе немало дворянских семей, особенно на севере страны, в то время еще были католиками. Опыт показал, что постоянно клокотавшее крестьянское недовольство могло быть направлено в русло восстания, проходившего под лозунгами католической реставрации. Ведь переход земли к новым владельцам принес крестьянам резкое увеличение поборов, а то и просто сгон с участков, чтобы очистить место для прибыльного крупного овцеводческого хозяйства.
В 1569 году в северных графствах Англии вспыхнуло крупное крестьянское восстание. Как это не раз случалось со времен Реформации, народное недовольство вылилось в форму движения под знаменем католицизма. Феодальный сепаратизм постарался использовать в своих целях выступления крестьянских масс. Восстание возглавили графы Нортумберленд и Уэстморленд. Они намеревались освободить Марию Стюарт, которую можно было объявить законной королевой и противопоставить Елизавете. Герцог Норфолк, который должен был стать командующим армией восставших, в последний момент струсил, предал своих сообщников и по требованию Елизаветы явился в Лондон, где его посадили в Тауэр. Норфолк выдал планы повстанцев. Марию спешно перевезли из замка Татбери на юг, в Ковентри. Об этом позаботились приближенный Елизаветы Хандсон и сэр Ролф Сэдлер.
Наш старый знакомец был в числе нескольких сановников и генералов, которым было поручено подавление восстания. Ведь события развертывались неподалеку от Шотландии и здесь снова потребовались его уменье и опыт. Уже немолодой разведчик — ему было тогда 62 года — снова взялся за привычное ремесло. Первоначально оружие тайной войны использовали против самих повстанцев. Так, например, адмирал Клинтон, командовавший одним из отрядов королевской армии, в конце ноября послал сэру Ролфу депешу, что он находится в Линкольне с 12 тыс. хорошо вооруженных солдат. На деле у Клинтона было всего 200 или 300 человек, и письмо было направлено в расчете, что его перехватят.
Восстание не получило массовой поддержки за пределами северных графств и было подавлено спешно переброшенной с юга королевской армией. К январю 1570 года все было кончено, если не считать, конечно, массовых казней, которыми неизменно сопровождались подавления крестьянских движений.