С началом войны авиационный полк перебросили на Кубань, и он вступил в бой. В течение двух недель почти все лётчики погибли. У тех, кто оставался на земле, настроение сменилось с «Ну, мы им дадим!» до подавленного. На фронтах Великой Отечественной войны М.И. Балясников с июня 1941 года. Сначала воевал на Северо-Кавказском фронте (с. Крымская, Тихорецкая, Старотиторовская, г. Моздок). Затем в Черноморской группе войск (г. Новороссийск), на Степном и 2-м Украинском фронте в составе 5-й Воздушной армии. В конце войны – в Восточной Пруссии.
В конце июля 1942 года создалась реальная угроза прорыва немецких войск на Кавказ. Наши войска вели ожесточенные и неравные бои с противником, силы которого по пехоте превосходили в 1,4 раза, по артиллерии – в 2 раза, по танкам – в 9,3 раза, а по авиации – почти в 8 раз. Был создан Северо-Кавказский фронт под командованием Маршала Советского Союза С.М. Буденного. Особое внимание уделялось обороне подступов к Закавказью с севера по рекам Терек, Урух и Кубани и к перевалам Главного Кавказского хребта. Здесь наступали главные силы 1-й немецкой танковой армии, которым совместно с 17-й армией удалось форсировать Кубань в районе Армавира. Сдерживая натиск противника, делавшего отчаянные попытки любой ценой прорваться к майкопским, грозненским и бакинским нефтепромыслам, наши войска отходили в предгорья. Обе стороны несли большие потери.
На Северном Кавказе, – вспоминал М.И. Балясников, – наши войска в 1942 году отступали с боями, уходя в горы и по Военно-Грузинской дороге в Закавказье. По ней непризывной вереницей шли войска и техника. Передвигались только ночью, без огней, до рассвета. Иногда на дороге то там, то тут от полученных пробоин вспыхивали факелом автомашины. Их сталкивали тут же в ущелья. Днём немецкие самолеты полностью контролировали воздух и охотились за всем, что передвигалось по земле.
Однажды, как всегда с наступлением рассвета, колонна машин отдельного батальона аэродромного обслуживания, в котором М.И. Балясников был начальником штаба, остановилась на дороге. Водители стали прятать свои машины в придорожных кустарниках, под горными скалами, в расщелинах. Вскоре послышался гул немецких самолетов, и началась обычная ежедневная бомбёжка. Выстрелы наших зениток, редко размещенных в горах, не представляли для немцев никакой угрозы. Бомбёжка застала Михаила Ивановича, когда, присев на табуретке и прижавшись спиной к колесу автомашины-фотолаборатории, в которой ехала и его семья (жена, сын и дочь), тот работал с документами. Он посмотрел на небо в сторону самолетного гула и увидел, что прямо на него летит бомба. От летящей бомбы не мог оторвать взгляд. Наступило леденящее душу безразличие и мёртвое оцепенение. Рассудок выключился. Такой степени страха на войне после никогда не испытывал. Даже в конце войны в Восточной Пруссии, где свирепствовали немецкие снайперы, всё было проще: идет человек и вдруг, упал. Смотришь – убит.