Был еще один аспект, который мог ускользнуть от внимания великого магистра, печально обозревающего разоренный остров и уменьшенные силы. Турецкие потери были огромны. Они были непропорционально велики по сравнению с целью, даже если бы туркам удалось ее достичь. Согласно разным источникам, описывавшим блокаду Мальты, по самым скромным подсчетам, турки потеряли 25 000 человек, хотя большинство авторов склоняются к цифре 30 000. Эти данные не учитывают потери алжирцев, египтян и корсаров Варварского берега, которых никто не считал. Даже если принять минимальное число погибших турок – 25 000 человек, общие потери, вероятнее всего, превысили 30 000. Как отметил У.Х. Прескотт в «Истории царствования Филиппа II», «оружие Сулеймана I на протяжении его долгого и славного правления не сталкивалось с такими унизительными неудачами, как его поражение при осаде Мальты. Даже если не принимать во внимание стоимость морских приготовлений, потери в живой силе были чрезвычайно велики».
Хотя тогда этого никто не мог предвидеть, это была последняя серьезная попытка османов прорваться в западную часть Средиземного моря и завершить окружение Европы с юга. Если бы Мальта пала, облик Европы за следующие несколько десятилетий мог полностью измениться. Весьма проницательная правительница королева Елизавета II Английская в ходе осады сказала: «Если бы турки взяли верх над островом Мальта, трудно сказать, какие тяжелые последствия могли ожидать остальной христианский мир». В протестантской Англии, где в 1534 году король Генрих VIII экспроприировал все земли и собственность английского ланга, победу рыцарей посчитали спасением Европы. Королева приказала архиепископу Кентерберийскому составить специальную благодарственную молитву, которую читали во всех церквях Англии трижды в неделю в течение трех недель после снятия осады.
Рыцари, которые уцелели, и великий магистр – но, главное, сам орден – неожиданно обнаружили, что их бесплодный каменистый остров принес им мировую славу, настолько яркую, что даже по прошествии веков она не потускнела. Хотя еще оставались те, кто желал возвращения на Родос, но их уже было намного меньше, и, поскольку сам великий магистр ратовал за жизнь на Мальте, оппозиции пришлось умолкнуть. Тем не менее в ходе осады стало очевидно, что два полуострова, Сенглеа и Биргу, хотя их оборона была существенно улучшена, непригодны для постоянной базы. Они были словно на ладони с расположенной за ними возвышенности, а если говорить о Биргу, то еще и с горы Сальваторе, что к востоку от него. Но главное, их можно было контролировать с горы Скиберрас, и по мере усовершенствования артиллерийских орудий и увеличения их дальнобойности артиллерийский огонь с возвышенностей мог сделать эти позиции абсолютно непригодными для обороны. Ранее военные инженеры Феррамолино и Строцци неоднократно говорили, что если рыцари хотят выбрать идеальное место для укрепленного города, который не только станет достойным соперником Родоса, но и превзойдет его, тогда они должны начать строительство на горе Скиберрас. За несколько лет до осады еще один выдающийся инженер, Бартоломео Дженга, подтвердил мнение своих предшественников и даже сделал модель нового города, занявшего всю гору Скиберрас и протянувшегося до региона, сегодня известного как Флориана, места, откуда простреливалась вся область Марса. Еще до осады ла Валетт выступал за перенесение дома ордена на Скиберрас, но нехватка средств и понимание того, что нападение турок последует раньше, чем строительство там будет закончено, заставили великого магистра отложить выполнение этих планов.