Веками, по мере того как перспектива осады становилась все менее вероятной, то, что начиналось как строгая крепость, дополнялось многочисленными частными домами, построенными в стиле мальтийского барокко, который является насыщенным без излишнего украшательства. В этом городе в течение двух веков находилась штаб-квартира рыцарей. Здесь они создали большой госпиталь, которому завидовала вся Европа – его размерам, медицинской квалификации персонала, условиям, в которых находились пациенты. Здесь, в Валетте, строгость военно-монашеской жизни, которую вели рыцари в Биргу, на Родосе, под жарким небом Сирии и на Святой земле, постепенно вытеснялась чисто светской формой существования. Помпезность и церемониалы здешнего миниатюрного европейского двора мало-помалу подавили изначальные идеалы, которые проповедовал основатель ордена, брат Жерар. И все же, даже когда жизнь стала проще и легче, рыцари не могли смотреть за Большую гавань на возвышающуюся там громаду форта Святого Эльма, не вспоминая о великой осаде и о том, что существование ордена в 1565 году едва не прекратилось.
Через шесть лет после осады Мальты рыцари впервые почувствовали уверенность, что, хотя еще многое предстоит сделать, Валетта – город, который сможет противостоять любой осаде. Теперь появилась возможность для нанесения главного удара по турецкому флоту в его водах. В знаменитой битве при Лепанто, которая произошла в 1571 году, флот ордена был представлен только тремя галерами. Это объяснялось тем, что не так давно произошла катастрофа, редкая в истории ордена, – Сент-Клемент, командовавший флотом из четырех галер, подвергся нападению алжирского корсара Очиали. Сент-Клемент потерял три корабля и бежал с поля боя.
По прибытии на Мальту Сент-Клемент предстал перед судом и был признан виновным в трусости. Всеобщее негодование было настолько велико, что виновного передали для наказания гражданским властям (в юрисдикцию ордена не входило вынесение смертного приговора одному из братьев). Сент-Клемент был казнен, его тело помещено в мешок и сброшено в море. Очиали, победитель в сражении с галерами ордена, был итальянцем из Калабрии, одним из многих ренегатов, внесших свой вклад в успехи мусульман в этот исторический период. Он учился у великого Барбароссы и мог считаться ровней любому христианину. Без сомнения, Очиали был одним из лучших морских командиров того времени.
Орден был прав, осудив Сент-Клемента и избавившись от него. Учитывая малочисленность флота рыцарей, его репутация основывалась на том, что этот флот был эффективнее других, и рыцари всегда сражались не на жизнь, а на смерть, предпочитая ее капитуляции. Немного раньше вызванный перед осадой Мальты к Сулейману турецкий морской капитан сказал о рыцарях следующее: «Их корабли не такие, как все. У них на борту всегда много аркебузиров и рыцарей, которые сражаются до последнего вздоха. Еще не было такого случая, чтобы они напали на наш корабль и не потопили его или не захватили». Если бы рыцари утратили свою репутацию, если бы они ежечасно не оправдывали ее, их пребывание на Мальте было бы недолгим.