Одно из самых важных событий в истории мальтийского периода ордена произошло в конце XVI века во время правления великого магистра Ла Касьера. Этот гордый, высокомерный и очень упрямый человек показал себя храбрым и способным командиром, однако он не вникал в нюансы островной политики или просто не желал с ними считаться. Он оскорблял мальтийцев, не в последнюю очередь своей неприязнью к ним, которую не скрывал и от местного епископа, что явилось постоянным источником трений между избранным епископом Мальты и великим магистром, который, являясь главой великого религиозного ордена, считал себя равным кардиналу. Было даже обращение Ла Касьера к папе против епископа. В конце концов на остров прибыл член инквизиции, чрезвычайно важная фигура во времена контрреформации. Для великих магистров он был – и это было практически неизбежно – ненавистным лицом, поскольку подчинялся только папе. Таким образом, он стал третьей формой власти на острове. Мальтийцы, за века научившиеся жить под властью разных чужеземцев, сменявших один другого, – карфагенян, римлян, византийцев, арабов, сикулов-испанцев, а теперь рыцарей, были довольно хитры по натуре и не имели желания дальше запутывать пресловутую «кошкину люльку»[5] своей островной религиозно-светской политики. Рыцари, надменные аристократы, свысока относившиеся к крестьянскому населению острова, вряд ли обрадовались вмешательству папы (через его главного инквизитора) в их внутренние дела. В результате в этой троице интересов, во главе которой стоял великий магистр, всегда присутствовали мелкая зависть, политическая и религиозная борьба и интриги в стиле Макиавелли. В целом прибытие на Мальту представителя инквизиции было неудачным оборотом для острова.
В некотором смысле самым важным событием этого периода было строительство собора Святого Иоанна Крестителя в Валетте. Это один из самых известных соборов Южной Европы и один из величайших архитектурных памятников ордена. Его строительство завершилось в 1578 году при магистра Касьере по проекту и под наблюдением Джироламо Кассара. Внешне собор очень строг – крепость веры – и выполнен в стиле маньеризма. А внутри это едва ли не самое величественное в мире барочное сооружение. Великие магистры и другие члены ордена тратили состояния на боковые часовни, памятники из мрамора и на поддержание его сокровищницы, которая постоянно пополнялась богатыми дарами со всей Европы. Шли десятилетия, и постепенно весь пол собора Святого Иоанна стал сам по себе памятником (из цветного мрамора) благородным домам Европы, сыновья которых умерли на службе ордену. Каждый ланг имел собственную боковую часовню. Здесь, как и в любых других областях, существовало обязательное соревнование между лангами. Каждый желал, чтобы его часовня стала богаче и красивее, чем у соседа. Несколько позже испанцы братья Котонеры (Рафаэль и Никола, один за другим были великими магистрами ордена мальтийских рыцарей. –