Несмотря на то что Павел I ясно дал понять, что считает орден (что на самом деле означало Мальту) находящимся в сфере своего влияния, французы были исполнены решимости действовать быстро. Членами ордена в то время было около трехсот рыцарей. Из них две сотни были членами трех французских лангов. Поэтому они легко поддались влиянию новой Франции и прониклись идеями Французской империи, которую усердно строил Наполеон. На фоне блеска восходящей звезды французского империализма поблекла даже аристократическая предубежденность многих рыцарей. Наполеон отправил на Мальту своего агента Пуссьельга, чтобы он сообщил ему о состоянии дел на острове. Пуссьельг обнаружил, что местное население недовольно, сокровищница почти пуста, а фон Гомпеш заслуживает разве что титула «великий магистр нерешительности». Было ясно, что настал момент для французской интервенции. Она идеально совпала с планируемой Наполеоном экспедицией в Египет. Мальта находилась как раз на пути его флота вторжения. Представлялось немыслимым оставлять остров в его теперешнем состоянии, когда его легко могут занять англичане и использовать как базу для нарушения французских коммуникаций.
Декрет французской Директории от 12 апреля 1798 года стал смертным приговором ордену святого Иоанна на Мальте. На этот раз не турки и не вечные враги ордена мусульмане, а французы, некогда передовые крестоносцы, достигли одним росчерком пера того, что не сумели добиться пушки, флоты, саперы, минеры, янычары, генералы и адмиралы блистательной Порты, а также бесчисленные пираты Варварского берега. Возвестив, что Мальтийский орден объявил себя врагом Французской республики, декрет определил специальные инструкции «генералу, командующему армией Востока». Он должен был «овладеть островом Мальта… для чего немедленно проследовать туда со всеми военно-морскими и военными силами, находящимися под его командованием». Далее говорилось, что эти приказы секретные и не должны печататься. А генерал Бонапарт, как главнокомандующий армией, направляющейся в Египет, должен «вступить во владение островом Мальтой», если только по какой-либо причине не окажется, что это мешает главной цели экспедиции.
О рыцарях последующего периода можно сказать, что ими овладел фатализм Востока, внутренняя опустошенность пожирателей лотоса. Сами мальтийцы нередко повторяют: «X’Tista Taghmel?» («Что тут поделаешь?») Есть и другое местное высказывание: «Даже святой Петр потерпел кораблекрушение на Мальте». Убежденность в неизбежности происходящего и неспособности человека ни на что влиять, по-видимому, была крупными буквами записана в сердцах рыцарей в их последние дни на Мальте. Уитворт Портер в 1883 году в «Истории рыцарей Мальты» писал: «Только одна сила оставалась беззаботной и бездействующей посреди всеобщей тревоги. В то время как лихорадочная подготовка велась во всех прочих странах Европы, остров Мальта оставался в состоянии пассивной бездеятельности».