Фон Гомпеш был предупрежден, что экспедиция в Египет собирается по пути захватить Мальту, и не предпринял никаких действий. Создавалось впечатление, что он, как и все население острова, был загипнотизирован размахом доблести ордена в прошлом и непоколебимо уверен, что «Мальта золотая, Мальта серебряная» останется таковой навсегда. Он смотрел на массивные фортификационные сооружения Валетты, на эскарпы и контрэскарпы Флорианы, на восстановленную крепость Святого Эльма и верил в них так же, как орден веками верил в руку святого Иоанна Крестителя, хранящуюся в украшенном драгоценными камнями реликварии собора. Под праздным небом и ярким солнцем начала июня, когда весь остров готовился к долгой летней дремоте, немецкий великий магистр ордена лениво бездействовал, словно крестьянин в тени.
6 июня 1798 года авангард французского флота из более восьмидесяти кораблей подошел к острову. На берег были посланы люди с просьбой разрешить нескольким кораблям войти в Большую гавань для пополнения запасов воды. Положение ордена в это время было довольно трудным. Рыцари пытались сохранять строгий нейтралитет и не принимать ничью сторону в конфликтах. Они предоставляли возможность пополнять запасы воды кораблям всех стран, которым это было нужно. Поэтому два транспорта получили разрешение войти в гавань и взять воду. Еще в гавань вошел фрегат, нуждавшийся в ремонте. Спустя три дня на горизонте показался флот, который даже Сулейман Великолепный в дни величия Османской империи не мог себе представить. Дубле писал: «Мальта еще никогда не видела такого огромного флота в своих водах. На много миль вокруг море было покрыто кораблями всех мыслимых размеров. Их мачты напоминали гигантский лес». Весь французский флот и армия, направляющаяся в Египет под командованием Наполеона, собрались у восточного берега Мальты. Флот состоял из 14 линейных кораблей, 30 фрегатов и 300 транспортов. На одном из самых больших кораблей в мире, линкоре L’Orient, находился главнокомандующий, человек, проявлявший неустанную активность на берегу, но не любивший море. Наполеон считал эту часть экспедиции более чем непривлекательной прелюдией к славе, ожидавшей его под сенью пирамид. Ознакомившись с рассказами о путешествиях капитана Кука, Наполеон взял с собой среди многочисленных томов, посвященных Востоку, экземпляр Корана. Странная прихоть судьбы: слова пророка Мухаммеда читал француз, готовясь захватить остров, который противостоял последователям пророка в течение многих веков.
Наполеон через французского консула отправил великому магистру послание. Он просил допустить в гавань весь его флот для пополнения запасов воды. Фон Гомпеш созвал большой совет, который практически единогласно (лишь один человек был против – испанец, указавший, что его страна – союзница Франции) постановил, что, в соответствии с договором, заключенным несколькими годами раньше между орденом и правительствами Франции, Неаполя и Испании, только четыре военных корабля одновременно могут заходить в гавань. Наполеон, безусловно, ожидал именно такого ответа. Ведь допуск всего флота и армии в гавань сам по себе мог означать только одно – капитуляцию. «Они отказали нам в воде, – сказал Наполеон, – тогда мы возьмем ее сами». Ответ на вежливое письмо фон Гомпеша был выдержан в выражениях, свойственных разве что покорителю мира: «Главнокомандующий возмущен, что вы не желаете разрешить взять воду более чем четырем кораблям одновременно; действительно, сколько времени понадобится 400–500 судам для того, чтобы получить подобным способом воду и все остальное, в чем они крайне нуждаются? Этот отказ тем более удивил главнокомандующего, что ему известно, какое предпочтение оказывается англичанам и какую декларацию обнародовал ваш предшественник. Главнокомандующий решил взять силой то, что должны были ему предоставить, руководствуясь законами гостеприимства, которые являются основой вашего ордена…»