В 1803 году папа Пий VII выбрал великим магистром Джованни Томази. После его смерти двумя годами позже в Катании последовал перерыв, во время которого орденом управляли лейтенанты, выбираемые рыцарями (но выбор утверждался Святым престолом). Конвент оставался в Катании 22 года и в 1826 году был переведен в Феррару, а еще через несколько лет – в Рим, где и остался. В это время, когда уцелевшие рыцари были разбросаны по всей Европе, не прекращались попытки получить от европейских стран какую-нибудь новую базу, из которой орден мог бы действовать в своем старом качестве – как щит христианства и защитник бедных и больных. Рассматривались острова в Балтийском и Эгейском морях, где он мог бы обосноваться и снова создать суверенное государство. Однако никто не горел желанием уступить даже самый незначительный остров или полуостров некогда известному, но теперь обнищавшему ордену. Теперь орден святого Иоанна, в сущности, стал тем, в чем его раньше обвиняли, – эксклюзивным клубом престарелых аристократов-католиков, продолжавших жить в прошлом.
Пока мелкие осколки ордена утверждались в странах, бывших родоначальницами восьми лангов, реальное возрождение острова началось в Риме. Здесь один из его членов завещал ордену Palazzo di Malta, который до сих пор является его домом. Война за веру ушла в прошлое, и члены ордена вернулись к своему первоначальному занятию – стали госпитальерами, как того хотел брат Жерар. Великое магистерство было восстановлено папой Львом XIII в 1879 году, и 74-м великим магистром после Раймунда де Пюи стал итальянец Джованни Баттиста Чески а Санта-Кроче.
Правда, доходы ордена были очень малы, и в его распоряжении имелась только совсем небольшая территория, над которой развевался флаг святого Иоанна – «белый крест мира на красном поле войны». Вопрос суверенитета ордена тоже неоднократно поднимался многими историками. В 1862 году итальянский министр помилования, юстиции и культов заявил, что «это в определенной степени всемирный орден… Лишенный суверенитета, которым он обладал сначала на Родосе, а потом на Мальте, он продолжает сохранять характер, который ни одна европейская держава не перестает признавать и уважать».
Некоторые историки, среди них и Келф-Коэн, утверждают, что орден лишился суверенитета после того, как покинул Родос. В любом случае не может быть сомнений, что после 1530 года орден больше не был независимым и суверенным, и Л’Иль-Адам, несмотря на все свои усилия, стал вассалом, хотя от него почти не требовали службы (ежегодная плата – один мальтийский сокол). Акт передачи Мальты определенно сделал орден вассалом Карла V как короля двух Сицилий. Если внимательно изучить документ, становится ясно, что орден, выплачивая номинальную арендную плату, по сути, стал арендатором Мальты. Родос рыцари завоевали для себя оружием и были приняты папой как его суверены. Между тем феодальные узы оказались настолько слабы, что после 1565 года великие магистры фактически имели международное признание, как суверены Мальтийских островов. Вассальная зависимость не противоречит суверенитету. Короли Неаполя и Сицилии, к примеру, являлись вассалами папы. Вопрос был окончательно решен 28 января 1961 года, когда гражданский суд Рима вынес вердикт, что орден является «ип ente sovrano internazionale…» (международным суверенным обществом).