Нет никаких сомнений, что назначение русского царя великим магистром было незаконным. В это время должность не была вакантной, да и для выборов не было кворума. К тому же при этом подразумевался суверенитет Мальты, а по этому поводу и французам, и англичанам было что сказать. Россия, где царила автократия, неизбежно становилась врагом революционной Франции, и, хотя она была союзницей Англии в общем желании не допустить, чтобы французы стали единоличными хозяевами Европы, у двух стран было очень мало общего. На самом деле британцы, как и их французские враги, были исполнены решимости не дать сухопутной России стать морской державой и обосноваться в Средиземном море.
Павел формально получил регалии должности в декабре 1798 года и вскоре после этого объявил, что создает второе, некатолическое приорство Российское, чтобы знать, придерживающаяся православной веры, тоже могла стать рыцарями святого Иоанна. Фон Гомпеша наконец заставили отказаться от должности. Он окончил свою жизнь бедным и опозоренным в 1805 году в Монпелье. Этот человек, возможно, был не слабее многих его предшественников, однако оказался в слишком тяжелых обстоятельствах. Автор комментария «Современный крестовый поход» заметил:
«Таким образом, de facto, но не de jure, Павел I стал 72-м главой ордена, а Санкт-Петербург – его штаб-квартирой. Русский император помог ордену пережить и враждебность революционеров, и ненасытность монархов.
Но Россия не получила Мальту. К сентябрю 1800 года британцы установили контроль над островом и не выказали намерения отдать его императору Павлу, заявившему на него претензии. Русско-британские отношения резко ухудшились. Накануне войны с Англией, однако, в ночь на 11 марта 1801 года Павел был убит».
Несмотря на то что преемник Павла Александр назначил одного из своих генералов главой ордена, русский интерес к нему, равно как и к острову Мальта, упал. Мальтийцы, поднявшие восстание против французских хозяев (они обнаружили, что революционное и атеистическое отношение неприемлемо для их консервативных чувств), позвали британцев на помощь. В результате с возобновлением военных действий между Францией и Британией в 1803 году последние стали фактическими преемниками ордена святого Иоанна на месте правителей Мальты. Это было официально подтверждено в 1814 году Парижским договором, по которому остров стал частью Британской империи. Надпись на Дворцовой площади Валетты сообщает, что новое право собственности на остров дано в 1814 году (чего не было в 1530 году, когда хозяевами стали рыцари) великой и непобедимой Британии.