В ноябре того же года Павел I был объявлен великим магистром суверенного военного ордена госпитальеров святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты. Русский художник Боровиковский написал портрет Павла I в одеянии русского императора и великого магистра Мальты, копия которого висит в Палаццо-ди-Мальта. Нет никаких сомнений, что Павел I не мог стать законным великим магистром католического ордена, поскольку даже не был католиком. Тем не менее он им был de facto, и только мальтийское восстание против французов и английское вмешательство в дела острова помешали дальнейшему продвижению императором Павлом I русских интересов на Средиземноморье. Этот интересный эпизод истории ордена описан в книге Fra Olgerd de Sherbowitz-Wetzor, Fra Cyril Toumanoff The Order of Malta and the Russian Empire (Rome, 1969).
Хотя много чернил было потрачено на обсуждение вопроса суверенитета ордена после утраты Мальты, полный консенсус мнений так и не был достигнут. Принято считать, что орден продолжает дипломатические отношения с другими государствами (включая Наполеоновскую империю) и эти отношения не прерывались. В 1970-х годах орден из своей штаб-квартиры в Палаццо-ди-Мальта поддерживал дипломатические отношения с 39 суверенными государствами, что является большим шагом вперед даже по сравнению с периодом его максимального могущества в XVIII веке.
После правления лейтенантов с 1805 до 1879 года (о котором упоминалось в тексте) восстановление великого магистерства папой Львом XIII в 1879 году стало началом возрождения ордена в Европе. 74-м великим магистром стал Джованни Баттиста Чески а Санта-Кроче. Он умер в 1905 году, его преемником стал сначала великий магистр Галеаццо фон Тун унд Гогенштейн (1905–1931), а потом великий магистр Лудовико Киджи Альбани делла Ровере (1931–1951). Во время правления этих выдающихся итальянских аристократов орден столкнулся со значительными трудностями в отношениях со Святым престолом. Могущественный кардинал из Священной коллегии желал получить контроль над орденом. Это дело, по существу, хотя и в более скромном масштабе, напоминало нападки на орден тамплиеров папы Клемента V в XIV веке. Но рыцари ордена показали, как неоднократно делали это в прошлом, что могут противостоять осаде – политико-церковной или военной, все равно. Об этом пишет Roger Peyrefltte в книге Chrvaliers de malte (London, 1960). В конечном счете статус ордена был прояснен и подтвержден, и в 1961 году папа Иоанн XXIII одобрил новую конституционную хартию ордена. 8 мая 1962 года, после перерыва, во время которого орденом управляли лейтенанты, был избран 77-й князь и великий магистр ордена фра Анджело де Мохана ди Колонья