Несмотря на несколько незначительных стычек, история госпитальеров на протяжении следующих лет была сравнительно спокойной. Так получилось, поскольку турки были заняты борьбой с татарами под предводительством Тимура Хромого – Тамерлана, которые захватили большую часть Востока и в 1392 году даже взяли Багдад. Весь мусульманский мир был слишком занят татарами, чтобы обращать внимание на относительно не важную горстку христиан, засевших на Родосе. Рыцари тоже пострадали от нашествия орд Тимура, когда в 1402 году он повернул на север и захватил Смирну. Только общая неразбериха в мусульманском мире помогла ордену добиться дипломатического успеха, несмотря на трудности, и годом позже заключить очень удачный договор с египетскими мамлюками. Он дал им право держать консульство в Иерусалиме, а также открыть консульства в Дамьетте и Рамле. Еще более важным, чем эти дипломатические уступки, был тот факт, что рыцарям позволили восстановить свой прежний госпиталь в Иерусалиме. Отдельный пункт соглашения обеспечивал родосским рыцарям преимущественные торговые права в Александрии, Бейруте, Дамаске, Дамьетте и Триполи. Тридцать восемь лет, которые длилось это соглашение, были процветающими для ордена и острова, которым он управлял. Но фортификационным сооружениям продолжали уделять внимание, и галеры продолжали выходить в море из Мандраккьо, поджидая караваны.
В Анатолии основным следствием вторжения Тимура стал приток выносливых всадников и пеших воинов, почти неотличимых от турок. Если бы сыновья Тимура не сражались так отчаянно друг с другом из-за наследства, несомненно, Константинополь подвергся бы нападению гораздо раньше. Во время передышки, предоставленной гражданской войной, византийцы сумели отвоевать несколько прибрежных городов, принадлежавших им раньше, а орден святого Иоанна построил большую крепость на узком полуострове, выступающем в море напротив острова Кос. Теперь рыцари ордена обладали полным контролем над проливом. Крепость была названа именем святого Петра Освободителя. Впоследствии название было искажено и превратилось в Бодрум (от Bedros, Петр). Она давала убежище христианам, бегущим от рабства через Анатолию. Оттуда их можно было переправить в безопасность Родоса.
В 1440 году папа Евгений IV начал проповедовать новый Крестовый поход. Только албанский правитель Скандерберг, сербы и венгры объявили войну туркам. После нескольких ничего не решивших стычек они подписали десятилетнее перемирие с врагом. Западноевропейские державы не обратили никакого внимания на призыв папы. Они были заняты собственными делами. С точки зрения Запада Крестовые походы завершились. Но рыцари в том же году, когда был объявлен Крестовый поход, одержали примечательную победу. Их договор с мамлюками не выдержал испытания временем, и флот из 17 кораблей был отправлен из Египта для блокады Кастелоризо, оплот ордена на турецком побережье, расположенный к востоку от Родоса. Флот ордена в это время состоял из 4 парусников, предположительно «круглых судов», предназначенных для перевозки войск и грузов, и 8 галер. Сойдясь с блокирующими кораблями, рыцари очень скоро доказали свое превосходство над египтянами, захватив 12 судов вместе с командами. Это уже само по себе было выгодно. Но рыцари пошли дальше, высадили отряд на берег и вступили в бой с мамлюками, успевшими высадиться с египетских кораблей. В бою 700 мамлюков были убиты, а остальные, не имевшие возможности спастись морем, поскольку у них больше не было кораблей, были взяты в плен. Если призыв папы к оружию не услышал никто из западноевропейцев, орден, по крайней мере, показал, что он, как всегда, ведет активную войну с исламом.