Но, прежде чем перейти к ужасным событиям 13 ноября 1581 года, явившим в ярком свете как горестные последствия неумеренного гнева, так и подвиг верноподанности и самоотвержения, вернемся к семейственной жизни царевича Иоанна.
Как уже упомянуто было выше, царевич лишился двух жен: первой - из рода Сабуровых, второй - из семейства Петровых-Соловых и на двадцать шестом году вступил в брак с боярышней Еленой Шереметевой.
Юная супруга царевича, происходя из знатнейшего среди семейств российских, отличалась не только цветущей красотой, но также и кротостию нрава в сочетании с беззаботной веселостью, присущей ея летам. Мудрено ли, что Иоанн всем сердцем привязался к милой подруге своей, и вскоре союз этот должен был увенчаться рождением наследника. Душа царевича была преисполнена ликования, да и все кругом радовались будущему умножению царственной отрасли, однако кто мог знать знать, что способно возбудить ярость грозного царя? В некий роковой час Иоанн, войдя в покой невестки своей, увидел ее сидящей в окружении сенных девушек, одетой в легкое домашнее платье, что пристало деликатному ее положению, а не в полном роскошном облачении, предписанном обычаям двора. Разгневанный царь вскричал, что таковой наряд позорит сан царевны и оскорбляет его царское достоинство. Подобными суровыми словами порицал Иоанн Васильевич царевну Елену, которая лишь заливалась в ответ горькими слезами, служанки же ее и ближние боярыни были ни живы и не мертвы от страха.
Привлеченные шумом на половине царевны,взошли туда Иоанн Иоаннович и сопровождавший его неотлучно Борис Годунов. И тут зрелище рыданий сокрушенной супруги совершило то, что прежде не давала подвигнуть царевичу сыновняя почтительность. Он осмелился попрекнуть отца своего в излишней суровости. Иоанн Васильевич ужасно рассердился и закричал: "И ты злоумышляешь на меня, как последний из бояр моих!" В жестоком гневе своем он даже хотел ударить тростью по голове любимого сына. Но Борис Годунов, ставя жизнь наследника царского много выше собственной, и не желая, дабы свершилось ужаснейшее из мыслимых злодеяний, бросился между отцом и сыном, и жезл царский пронзил преданнейшее сердце, что билось в среде слуг государевых. В ту же минуту Борис упал, обливаясь кровью. Горько пожалел Иоанн, любивший Бориса не менее родного сына, о содеянном, но было поздно. Через четыре дня верный, благородный и добрый боярин, коему суждено, возможно, было стать самой надежной опорой престола, кротко скончался на руках царя, умоляя лишь об одном - дабы не была оставлена попечением его единственная малютка-дочь, явившаяся на свет едва ли не не в самый скорбный день кончины родителя своего.