Меньше известно о мужестве владыки, столь же сильном, как и его аскеза. Когда Китай оккупировали японцы, они любыми способами хотели подчинить русскую колонию. Два президента Русского эмигрантского комитета один за другим были убиты. Японцы оказывали давление именно через комитет. Тогда владыка принял руководство, о чем объявил коменданту Шанхая. Владыка овладел и разговорным японским языком. Но не только это заставило японцев смириться с независимым поведением русских. Когда шел бой за одну из главных пристаней Шанхая, в одном из помещений которой находилась церковь, владыка под пулями пошел спасать иконы. Стрельба велась с обеих сторон – японцами и китайцами. Владыке грозила неминуемая смерть. Но он вынес иконы, прошел под пулями, и все они пролетели мимо.
После этого случая японские власти перестали диктовать свои условия русским.
В 1945 году к власти в Китае приходят коммунисты. Русские снова вынуждены бежать. Владыка
Иоанн ведет деятельную борьбу за спасение русских эмигрантов. Но не находится ни одной страны, которая готова была бы принять русских. Наконец соглашается Филиппинская республика – но принимает их на остров Тубабао, который находится в секторе постоянных тайфунов. Палаточный лагерь русских существует семь месяцев. В одной из палаток владыка устраивает церковь. Ночами он обходит лагерь с неусыпной молитвой. Неминуемая смерть грозит трем тысячам русских на этом острове – в это время в самом разгаре сезон тайфунов.
Но сила молитвы владыки Иоанна такова, что лишь однажды волна, поднятая тайфуном, надвигается на остров.
Казалось бы, гибель неминуема. Но волна высотой с пятиэтажный дом почему-то не доходит до острова, поворачивает и обходит его.
Стоило только трем тысячам русских сняться с острова, выехать в Сан-Франциско, куда было разрешено въехать, как тайфун обрушился на остров Тубабао, не оставив от палаточного лагеря и следа.
В Западной Европе и Америке
Разрешение на въезд в Соединенные Штаты Америки было получено благодаря владыке. С острова Тубабао он добрался до Вашингтона и добился приема у высокопоставленных чиновников. Вызывало немалое удивление, что какой-то странный невысокий худенький человек в непривычной для Америки одежде сидит у Белого дома и ждет, когда ему будет дано разрешение на встречу с чиновниками. Но стоило им заговорить с этим человеком, как тут же они попадали под его обаяние и делали все возможное, о чем он просил. Пришлось даже внести поправки в закон США, чтобы разрешить въезд русским эмигрантам, терпящим бедствие.
С 1951 года архиепископ Иоанн направляется в Западно-Европейскую епархию с кафедрой сначала в Париже, потом в Брюсселе. И здесь он неустанно трудится, беря под свою опеку не только русских, но и местное население, взяв под свою юрисдикцию Голландскую и Французскую Православные Церкви. Он служит Божественную литургию по-голландски, по-французски, как раньше служил по-гречески и по-китайски. Позже он будет служить и по-английски.