Слава о владыке Иоанне быстро распространяется по всей Европе. Есть множество свидетельств о чудесном исцелении больных, о прозорливости владыки Иоанна.
Из Сан-Франциско, где кафедральный приход является самым крупным в Русской Зарубежной Церкви, к владыке стали доходить печальные вести от его духовных чад, что в их приходе начались разногласия. В это время давний друг владыки Иоанна, архиепископ Тихон Сан-Францисский, по болезни ушел на покой. В его отсутствие сооружение собора было приостановлено, и ссора парализовала общину. В ответ на настойчивую просьбу тысяч русских прихожан из Сан-Франциско Синод назначил архиепископа Иоанна на Сан-Францисскую кафедру для восстановления мира и окончания постройки собора.
В Сан-Франциско, этот вечно туманный град дальнего Запада, владыка прибыл осенью 1962 года, как мы уже знаем, на праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы.
Под руководством владыки мир был восстановлен, величественный собор в честь Божией Матери «Всех скорбящих Радость» был построен и украшен золотыми куполами. Воздвижение крестов в 1964 году было победным событием в жизни владыки Иоанна. С того времени величественные кресты на соборе, символы Христовой победы, сияют над холмами современного Вавилона.
Но нелегко было владыке: много пришлось ему кротко и молчаливо терпеть. Он даже был вынужден появиться в американском гражданском суде и давать ответ на нелепые обвинения в церковных недостачах приходского совета. Хотя правда восторжествовала, последние годы владыки были наполнены горечью клеветы и преследований.
Сохранилось несколько случаев чудесной помощи владыки, относящихся к последнему периоду его жизни. Приведем лишь один пример.
Анна Ходырева рассказывает: «У моей сестры Ксении Я., жившей в Лос-Анджелесе, сильно и долго болела рука. Она обращалась к врачам, лечилась домашними средствами, но ничего не помогало. Наконец она решила обратиться к владыке Иоанну и написала ему письмо в Сан-Франциско. Прошло какое-то время, и рука поправилась. Ксения даже начала забывать о прежней боли в руке. Однажды, посещая Сан-Франциско, она пошла в собор на богослужение. В конце службы владыка Иоанн давал целовать крест. Увидев мою сестру, он спросил ее: “Как ваша рука?” А ведь владыка видел ее впервые! Как же он узнал ее и то, что у нее болела рука?»
Как и в Шанхае, в Сан-Франциско владыка создал приют милосердия. Вскоре приют стал Домом святителя Тихона Задонского. Здесь дети жили, как в одной семье, получали знания не только о православии, но и о широком круге общеобразовательных наук.