Когда царевна вышла из собора, ей доложили, что Петр и все его окружение заперлись в Троице-Сергиевом монастыре, который укрепляется как для затяжной осады. Ничего не понимавшая Софья только руками развела. Оставалось ждать от беглеца вразумительного рассказа о причинах, побудивших его к столь странному поступку.
Но оказалось, что объясняться должна она. Получив письмо, в котором Петр требовал ответа, почему ночью собрались стрельцы в Кремле, она взялась за перо и обстоятельно объяснила истеричному братцу, что вышло недоразумение, и ни у кого и в помыслах не было тронуть его хотя бы пальцем. Хочет — пусть сидит в Троице, хочет — возвращается в Преображенское или едет в Коломенское — везде ему гарантируется безопасность и родственное отношение со стороны старшей сестры. Сначала было написали «Великой государыни», но потом решили не дразнить гусей, тыкая носом самолюбивого юнца в то, что никакой он не государь. «Старшая сестра» — это как-то пристойнее, по-родственному, да и слово «старшая» будет очень кстати.
Между двумя цитаделями завязалась активная переписка, сопровождаемая приездами высокородных гонцов. Стремившаяся «утишить» брата, Софья направила к нему всеми уважаемого боярина Ивана Борисовича Троекурова, который предложил Петру приехать в Москву для встречи с сестрой — и получил резкий отказ. Затем по следам князя отправился посланник от царя Ивана — тот же результат.
Начинавшая догадываться об истинных причинах такой несговорчивости «троицыных сидельцев», Софья предприняла последнюю попытку к примирению, отправив к Петру патриарха, как человека «по должности» мирного и богобоязненного. Но Иоаким, довольный возможностью покинуть Москву, остался у Петра, даже не отписав государыне об исходе своих пастырских увещеваний.
Софья потребовала немедленного созыва Думы. Собравшиеся бояре кряхтели, вздыхали и категорически не желали ничего приговаривать.
Было ясно, что думные люди решили остаться в стороне, отказываясь вмешиваться в распри Милославских и Нарышкиных. Поняв, что бегство Петра чревато военным противостоянием, Софья обратилась к стрельцам, прося защиты, но и те отвечали вяло, что, мол, на все государева и Божеская воля, а они люди маленькие.
Что оставалось делать? И вот спустя три недели после бегства Петра из Преображенского Софья решилась на последний шаг — самой отправиться в Троицу, чтобы образумить упрямого Петьку. Весь день они с Шакловитым ломали головы, пытаясь найти пути урегулирования конфликта, но на ум ничего не приходило.
— Послушай, Сонечка, — вкрадчиво предложил поникшей возлюбленной глава Стрелецкого приказа, — может, ты все-таки не будешь протестовать, если мы решим вопрос по-моему, а? Я возьму грех на себя, если ты его боишься. Есть у меня в полках верные люди, которые смогут явиться в Троицу как беглецы из Москвы. При первой же возможности они прирежут Петра как куренка, а если повезет, то и Бориса Голицына. Сейчас уже не то время, чтобы быть слишком щепетильными. Учти, он тебя не пожалеет.