Сэр Уильям, скорее всего, знал о романе жены и даже предложил ей раздельное проживание, без развода. Но Эмми, которая всем сердцем привязалась к мужу и испытывала к нему чувство глубокой благодарности, не могла его отпустить. Они жили втроем, как «одно сердце в трех телах», — так определяла их отношения сама Эмма.
Нельсон честно сообщил жене о зародившемся в его сердце чувстве. Она тут же написала, что готова приехать по первому слову, но адмирал ответил коротким письмом, в котором приказывал ей находиться там, где она находится, а через два года разъехался с ней, не получив развод.
Положение Нельсона и леди Гамильтон было трагичным. Адмирал ставил под удар свою репутацию, а Эмма теряла с таким трудом завоеванный ею статус супруги посланника-аристократа, не получая ничего взамен, — она опять становилась любовницей, пусть и влиятельного человека. Он не мог развестись с женой, значит, Эмма опять теряла все. И все-таки она не могла отказаться от своего чувства.
В 1800 году супруги Гамильтон и Нельсон втроем переезжают в Лондон. Это странное трио станет источником для скандальных статеек и сплетен в высшем обществе на целый год. На всех приемах, посвященных национальному герою, Нельсон и леди Гамильтон появлялись вместе, но двери к королевскому двору для Эммы оказались закрыты — ведь она опять находилась в статусе куртизанки, несмотря на не оставившего ее мужа и благородный титул.
В 1803 году умирает сэр Гамильтон. По рассказам, он испустил дух в объятиях Эммы, держа в руке ладонь адмирала. Злые языки добавляли к этой идиллической картине комментарий о том, что доказательством его вменяемости стало только содержание завещания: сэр Гамильтон оставлял все свое состояние племяннику, Чарльзу Гревиллу, оставив за Эммой только ежегодную пенсию в 700 фунтов.
По распоряжению короля Нельсон отбыл для участия в военных действиях против Дании, а Эмма поняла, что беременна, и в положенный срок родила девочку. Нельсон признал свое отцовство (при крещении ей дали имя Горации Нельсон) и впервые назвал ее в одном из писем женой. Он ужасно, нестерпимо ревновал ее, ведь Эмма, шутя, описывала ему встречу с Чарльзом и знаки внимания, которые проявлял к ней князь. В ответ адмирал писал: «Нет на свете ничего, чего бы я не сделал, чтобы мы могли быть с нашим ребенком». Он писал, что для него на свете не существует ни одной женщины, кроме его «жены» Эммы, и мечтал о том, как они будут жить вместе, уединенно и далеко от света и его сплетен.
Когда адмирал вернулся, они с Эммой и дочерью переехали в небольшой домик в пригороде Лондона. Дни, которые они провели там вместе, Нельсон в своих письмах называл драгоценными.