В XIV в. в помощь инквизиторам стали назначаться эксперты-юристы (квалификаторы), как правило, люди духовного звания. В их задачу входило формулирование обвинений и приговоров таким образом, чтобы они не противоречили гражданскому законодательству.
По существу квалификаторы прикрывали своим юридическим авторитетом преступления инквизиции. Они были лишены возможности ознакомиться с делом подсудимого, им давалось только краткое резюме показаний его и свидетелей, часто без имен, якобы для того, чтобы «эксперты» могли высказать более объективно свое мнение, в действительности же для того, чтобы скрыть имена доносчиков, пытки и прочие преступления инквизиторов. Тем не менее от заключения квалификаторов зависела судьба подследственного. Квалификаторы фактически являлись служащими трибунала инквизиции, т. к. получали от него (трибунала) жалованье, принадлежали к одному и тому же ордену, что и инквизиторы, и полностью зависели от воли последних, под диктовку которых и писались ими все решения.
Инквизиторов с самого начала их деятельности обвиняли в том, что они, пользуясь отсутствием какого-либо контроля, фальсифицировали показания арестованных и свидетелей.
В ответ на эти обвинения папы римские ввели в систему инквизиции новых персонажей — нотариуса и понятых. Нотариус скреплял своей подписью показания обвиняемых и свидетелей, что делали и понятые, присутствовавшие при допросах. Это придавало следствию видимость законности и беспристрастия. Нотариус, как правило, принадлежал к духовному званию, и, хотя его должность утверждалась папой, он находился на жалованье у инквизитора. Понятыми выступали чаще всего те же монахи из доминиканского ордена, в ведении которого находилась инквизиция. Таким образом, нотариус и понятые полностью зависели от воли инквизитора и, исходя из этого, скрепляли своей подписью любой сфабрикованный инквизицией документ.
Другими важными чинами в аппарате инквизиции были прокурор, врач и палач. Прокурор — один из монахов инквизиции — выступал в роли обвинителя. Врач следил за тем, чтобы обвиняемый не скончался «преждевременно» под пыткой. Врач полностью зависел от инквизиции и по существу был помощником палача, от «искусства» которого часто зависели результаты следствия. Роль палача понятна без комментариев.
Кроме этого, руководящего аппарата, имелся подсобный, который состоял из «родственников» инквизиции — тайных доносчиков, тюремщиков и другого обслуживающего персонала. В число «родственников» входили также почтенные и всеми уважаемые аристократы и горожане, принимавшие участие в аутодафе. В их задачу входило уговаривать осужденных публично покаяться и исповедаться. Они сопровождали жертвы инквизиции на костер, помогали его зажечь, подбрасывали хворост. Подобная «честь» оказывалась только особо достойным и заслуженным прихожанам.