После того как возбуждение от успешного запуска схлынуло, исчезли и толпы зрителей. Пресса тоже разбежалась, когда взрыв общественного интереса к старту «Новых горизонтов», который прокатился по газетам и выпускам новостей, а также украсил обложки журналов, сошел на нет. Но для небольшой команды инженеров, ученых и персонала управления полетом космическое путешествие «Новых горизонтов» только начиналось. Им предстояло провести аппарат через всю Солнечную систему и добраться до Плутона.
«Новые горизонты», которые когда-то представляли собой просто идею, затем были более слабым соперником при подаче проекта, затем — отмененной экспедицией, а потом — четырехлетней сумасшедшей гонкой к старту, теперь стали тем, чем должны быть: космическим полетом.
Элис Боуман и ее команда немедленно принялись за сложную работу по полной проверке аппарата и его управлению в космосе. Во-первых, они должны были остановить вращение зонда. Отделившись 19 января от STAR 48, он вертелся, как сумасшедший. Это было сделано преднамеренно для гироскопической стабилизации во время работы твердотопливного ракетного двигателя. После запуска Алан на один день задержался во Флориде, потому что не хотел быть на борту самолета без всякой связи, когда его детище будет проходить через жизненно важное замедление вращения. Затем он полетел на восточное побережье, в Лабораторию прикладной физики, чтобы провести три недели с командой управления и «прожить» вместе с аппаратом первые этапы проверок и первые коррекции курса, чтобы вывести «Новые горизонты» на тщательно выверенную траекторию к Юпитеру. Теоретически в это время Алан мог отправиться домой и консультировать по поводу повседневных операций с помощью телеконференций, но он предпочел «высокоскоростной связи» присутствие в Лаборатории прикладной физики на случай, если возникнут какие-то проблемы, требующие сложных решений.
В первые недели полета тщательно проверялась каждая бортовая система — связь, управление, регулирование температуры, двигательная установка и прочее. Проверку проходили и резервные системы. Это был очень трудоемкий процесс, требующий проведения десятков тестовых процедур, запросы на которые посылались на космический аппарат по радио. Каждый тест сопровождался передачей с борта космического корабля информации, которую инженерная команда Лаборатории прикладной физики изучала в поисках малейшего признака проблемы или неожиданной реакции.