Предметом постоянной озабоченности членов команды проекта было сохранение в течение почти десяти лет полета коллективного опыта — подробностей о том, как космический аппарат сконструирован, и о том, как им управлять. Это было особенно важно, потому что после запуска «Новых горизонтов» девять из десяти специалистов, участвовавших в проекте с самого начала, приступили к работе над другими программами. Что же произойдет через десять лет, когда штат экспедиции придется снова укомплектовать перед пролетом и появится много новых людей, которые никогда не работали над проектированием и строительством «птички»? Учитывая это и другие здравые опасения по поводу длинного путешествия, члены команды задокументировали так много подробностей о конструкции космического аппарата и его управлении, как только смогли. Также они составили план подготовки для тех, кого примут на работу через восемь-девять лет, и создали списки запасных частей для ЦУПа и симуляторов космического аппарата. Они даже записали видео (в стиле обучающих роликов), описывающие, как работает каждая деталь аппарата и оборудование ЦУПа.
Вся эта работа, направленная на то, чтобы полностью сохранить коллективный опыт, пока информация в головах еще свежа, и быть готовыми к далекому 2015 г., добавлялась к основным занятиям: учиться управлять полетом «Новых горизонтов», проверять научные приборы и планировать встречу с Юпитером. Хол Уивер был прав: весь 2006 г. и бо́льшую часть 2007 г. у группы управления полетом не было времени предаваться скуке.
Для научной команды и группы управления полетными операциями главным занятием в конце 2006 г. было планирование пролета Юпитера в 2007 г. Существовало три независимые друг от друга причины, которые делали этот пролет таким важным. Первая — и самая главная: для совершения гравитационного маневра, необходимого для того, чтобы нацелиться на Плутон, аппарат должен был пролететь около тщательно высчитанной точки прицеливания у Юпитера и сделать это в правильный момент. Если «Новые горизонты» не добьются успеха, то космический аппарат полетит куда-то еще, а с исследованием Плутона будет покончено. Во-вторых, Юпитер был единственным небесным телом, с которым «Новые горизонты» встречались по пути к Плутону, поэтому пролет мимо него был возможностью потренироваться в реальной встрече с другой планетой, перевести все системы аппарата в пролетный режим и испытать все приборы на планете и ее спутниках. Можно привести много примеров подобных проверок, и среди них было тестирование возможностей оптической навигационной системы, которая понадобится у Плутона. Пролет Юпитера следовало использовать, чтобы довести до совершенства умение точно определять дальность и смещение точки наведения пролетной цели, сравнивая на удачных снимках изменение положения Юпитера по отношению к далеким звездам.