Небезынтересно сравнить высокотехнологичное планирование пролета c помощью компьютеров в XXI в. с планированием пролетов «Вояджеров» в 1970-х и 1980-х гг., которые рядом с «Новыми горизонтами» выглядят как каменный век компьютерной эпохи. У команды «Вояджеров» было всего несколько лет, чтобы распланировать пролеты мимо каждой из планет-гигантов, но эта команда была огромной. В каждом пролете участвовало около 500 человек, которым понадобилось почти три года на планирование. У «Новых горизонтов» было шесть лет на составление планов пролета Плутона, но в команде было всего 50 человек — примерно 10 % от численности штата «Вояджеров».
Главным координатором планирования пролета Плутона была Лесли Янг, которая уже приняла на себя ответственность за «пилотную» версию планирования как части предложения «Новых горизонтов» на конкурс NASA в 2001 г. Оценив ее впечатляющую работу, энергию и внимание к деталям, Алан в 2008 г. попросил Лесли возглавить планирование реального пролета.
Когда «Новые горизонты» выдвигали свое предложение на конкурс, Алан организовал научную команду как тематические группы «пересекающихся» дисциплин, сосредоточенных на различных сторонах исследования системы Плутона. Благодаря этому удалось избежать обычного в таких случаях разделения на команды каждого из приборов, что часто использовалось в других межпланетных экспедициях и создавало несколько враждующих между собой лагерей. В проекте «Новые горизонты» была команда геологии и геофизики (применявшая методы и наработки, сформировавшиеся при изучении геологии Земли и других планет для того, чтобы понять структуры поверхности Плутона и их движение, узнать о его внутреннем каменистом ядре, а также о спутниках планеты), возглавляемая Джеффом Муром из исследовательского центра Эймса NASA; команда изучения химического состава (определяющая, из чего состоит поверхность Плутона и его спутников) под руководством Уилла Гранди из обсерватории Лоуэлла; команда изучения атмосферы (ставящая своей целью различные измерения параметров атмосферы Плутона), возглавляемая Рэнди Гладстоуном из Юго-Западного исследовательского института, и команда по изучению заряженных частиц (исследующая, как Плутон и его спутники взаимодействуют с солнечным ветром и из чего состоит ионизированный газ, который теряет атмосфера Плутона) во главе с Фрэн Бэгеналь из Университета Колорадо. Все четыре группы отчитывались по планированию пролета перед Лесли и вместе составляли то, что в целом получило название «команда планирования пролета Плутона» (Pluto Encounter Planning, PEP), которую в шутку иногда называли «отряд PEP».