Этап AP3 должен был начаться гораздо ближе к Плутону, в середине июня. Он продолжался всего три недели, но предусматривал тщательное фотографирование Плутона и его спутников, обращающихся вокруг планеты, а также первые наблюдения для определения химического состава Плутона и Харона и интенсивный поиск новых спутников и даже колец. После AP3 начиналось так называемое ядро (или основная часть) программы, за семь дней до максимального сближения. Этот этап продолжался еще два дня после подхода на кратчайшее расстояние. За ним следовало три фазы расхождения (Departure Phases, DP), которые должны были продолжаться до октября 2015 г.
Три фазы сближения, три фазы расхождения и основная часть пролета должны были планироваться отдельно и с разным уровнем строгости. Ближайшие к Плутону этапы следовало подготовить намного раньше, чтобы провести больше тестов, что отражало их огромную важность для общего научного результата.
Каждый из этапов пролета, в свою очередь, разбивался на некоторое количество последовательностей, каждая из которых состоит из тысяч машинных команд, необходимых, чтобы управлять космическим аппаратом, направлять его на различные цели в системе Плутона, осуществлять работу приборов и сохранять каждый блок данных. Но прежде чем программировать эти последовательности команд, группа PEP разработала более сотни методов проведения измерений, чтобы выполнить все научные цели пролета. В каждом методе содержалась информация о том, куда нацеливается аппарат, какой прибор и с какими настройками используется, на каком расстоянии от цели, на каком накопителе данных будут сохраняться результаты, и так далее. На каждый метод назначался «куратор» — разбирающийся в данном вопросе эксперт из научной команды, ответственный за разработку. Алан настаивал на том, чтобы после разработки каждый метод тщательно проверялся командой PEP для выявления слабых мест и возможности улучшения.
Главный этап встречи с Плутоном должен был состояться, когда одновременно будут проходить и сам пролет, и максимальное сближение с планетой и всеми ее пятью спутниками. На время этой девятидневной бортовой деятельности на космический аппарат устанавливалось особое программное обеспечение под названием «Режим встречи», которое должно было предотвратить ситуацию, когда из-за проблем на борту аппарат может расстроить встречу с долгожданной целью, прекратив всю деятельность и передав на Землю сигнал о помощи. Если бы у разработчиков космических аппаратов было больше склонности к озорству, они могли бы назвать «Режим встречи» режимом «Не беспокоить!» или «Не трогай меня, я занят!».