В обычном полете, когда космический аппарат обнаруживает проблему на борту, подобную перезагрузке компьютера, описанной в главе 10, его программное обеспечение автономного полета разработано так, чтобы расставить приоритеты, устранить немедленную опасность (например, закрыть топливные клапаны, если обнаружена утечка топлива), сообщить о проблеме на Землю, а затем перейти в безопасный режим, остановив всю дальнейшую деятельность, пока из ЦУПа «Новым горизонтам» не поступят новые инструкции. Такие ответные действия разработаны для того, чтобы не позволить космическому аппарату усугубить возникшие проблемы до того, как инженеры на Земле проанализируют их и выработают полноценное решение. Но во время максимального сближения с Плутоном этот процесс был бы контрпродуктивным, потому что, если аппарат прекратит работу, пока не придет помощь — а на таком расстоянии до Земли это займет как минимум половину суток, — будет потеряно огромное количество научных наблюдений, которые невозможно восстановить или заменить. Поэтому «Режим встречи» был разработан для того, чтобы в течение самого значительного периода экспедиции — у Плутона — решать проблемы иным способом. В этом режиме космический аппарат по-прежнему оценивал проблему, но затем просто переходил к следующему пункту в расписании, продолжая выполнять план наблюдений. Логика «Режима встречи» основывалась на том, что, находясь у Плутона, следует отдать приоритет сбору данных, а не останавливаться и ждать помощи с Земли, даже если у автоматической станции возникают какие-то проблемы. Переход в «Режим встречи» планировался со времени подачи предложения на конкурс, но никогда не реализовывался на практике. После того как началось планирование пролета, пришло время Крису Херсману и его команде разработать и создать программное обеспечение «Режима встречи».
Примерно в то же время началась и подробная разработка научного сценария пролета. Планировалось почти 500 наблюдений, при которых задействовали все семь научных приборов, имеющихся на борту космического аппарата. При этом предстояло решить около 20 отдельных сложных научных задач, поставленных командой «Новых горизонтов» и NASA. Эти задачи включали картографирование Плутона, фотографирование всех его спутников, измерение свойств атмосферы планеты, поиск спутников и колец, измерение температуры Плутона и его спутников и многое другое. Каждое из этих 500 наблюдений должно было быть не только отдельно разработано, а затем преобразовано в последовательность машинных команд (включи этот прибор, выбери этот режим, нацель в этом направлении, сохрани данные и т. д.), но и тщательно проверено на симуляторе управления «Новыми горизонтами» (New Horizons Operations Simulator, NHOPS) — точной копии космического аппарата и его научных приборов, размещенной в Лаборатории прикладной физики.