Со всем усердием и старательностью Лесли и ее команда разработали каждое наблюдение, используя инструменты для планирования пролета — пакеты программного обеспечения, которые они создали, чтобы иметь возможность проверить все: от ожидаемого разрешения и отношения сигнала к шуму каждого отдельно взятого наблюдения до того, правильным ли является наведение приборов и как на наблюдении скажется, если аппарат отклонится от курса или если Плутон либо его спутники окажутся не совсем на тех местах, где они должны быть по математическим прогнозам.
Для того чтобы выполнять свою работу, команда PEP особенно тесно сотрудничала с двумя группами: группой управления научными операциями, которая планировала последовательности команд для всех семи научных приборов, и группой управления полетными операциями, которая планировала все действия космического аппарата от выхода на связь до сохранения информации, от контроля внутренней температуры до включения двигателей для коррекции курса. Вместе все три группы тщательно режиссировали каждый момент полетных операций во время пролета Плутона.
Кто-то мог бы подумать, что сделать это достаточно просто: нужно разместить все наблюдения по своим местам в расписании, но на самом деле требовалось гораздо более сложное и точное планирование. Все три вышеупомянутые команды играли во что-то вроде 20-мерных шахмат. Для каждого наблюдения им нужно было удостовериться, что космический аппарат во время него не выйдет из ограничений по затратам энергии, что выделено достаточно времени для маневра, чтобы повернуть «птичку» в том направлении, куда должны быть нацелены инструменты, что в бортовом накопителе информации достаточно свободного места, чтобы сохранить результаты, и так далее. Для того чтобы спланировать каждое наблюдение, требовалось учесть буквально десятки факторов. Вдобавок эти три команды должны были втиснуть в расписание резервный вариант для каждого из самых важных научных наблюдений, чтобы быть уверенными: если космический аппарат или один из приборов не сработают при критически важном сборе данных, то есть второй шанс получить ту же информацию.
Также команды стремились заложить в свои планы вероятность отказа приборов. Например, планировалось дублировать наблюдения камеры Ralph камерой LORRI, и наоборот. Также каждый прибор работал по циклу, от наблюдения к наблюдению переключаясь с основного набора электронной аппаратуры на резервный; в план даже были включены перезагрузки приборов по расписанию на случай, если какой-либо из них в какой-то момент зависнет в неподходящем режиме. Все это до мельчайших деталей должно было быть внесено в сценарий за годы до пролета, потому что маленькой команде просто не хватило бы времени сделать все это за год или два. Для команды «Новых горизонтов» обдумывание, планирование, проверка и тестирование всего плана шестимесячного пролета заняли бо́льшую часть времени в течение трех лет — с 2009 по 2012 г.