Полтора года спустя, получив вторую магистерскую степень, Алан переехал в Колорадо, где стал инженером в NASA, работая над проектами для гиганта аэрокосмической отрасли — компании Martin Marietta. Но через полтора года он оставил эту работу ради Университета Колорадо, где стал научным сотрудником программы (главным ассистентом руководителя проекта, который, по терминологии NASA, назывался «научным руководителем») по запуску с помощью шаттла спутника для изучения состава кометы Галлея во время одного из ее редких появлений в 1986 г. Также он работал над суборбитальными научными миссиями и занимался аппаратурой, которую должны были шесть раз запустить с космического челнока, чтобы получить изображения кометы Галлея из космоса. Это был первый проект аппарата, в котором Стерн был научным руководителем.
Пока все это продолжалось, Алан задавался вопросом, как далеко ему удастся продвинуться без докторской степени. Он уже был женат, имел дом, делал карьеру и думал о том, что, возможно, упустил свой шанс, не вернувшись в докторантуру Техасского университета.
Затем, в январе 1986 г., произошла трагедия. Космический челнок «Челленджер» взорвался через 73 секунды после старта, унеся жизни семи астронавтов. Этот взрыв уничтожил и оба проекта, которыми Алан занимался в течение трех предыдущих лет: спутник для изучения состава кометы Галлея и его первый проект как научного руководителя — фотографирование кометы. Помимо того, что оба проекта Алана погибли, расстроились и многие другие планы NASA, а само будущее шаттлов оказалось под вопросом.
Почти все, кто имел тогда какое-то отношение к исследованиям космоса, вспоминают, где они находились, когда взорвался шаттл, и некоторые из нас до сих пор со слезами на глазах говорят о Кристе Маколифф, первой «учительнице в космосе», и других членах экипажа, которые расстались с жизнью тем холодным флоридским утром. Многие из нас смотрели репортаж о старте «Челленджера» в прямом эфире по телевидению; Алан был на мысе Канаверал и вместе с коллегами наблюдал этот пуск.
После катастрофы он был раздавлен: «От этого некуда было деться — это транслировалось по телевидению и выходило во всех газетах. Многие недели и даже месяцы я снова и снова видел взрыв в СМИ». Крушение заставило Алана задуматься о жизни и карьере. Две следующие межпланетные экспедиции NASA — орбитальная АМС «Магеллан» к Венере и орбитальная АМС «Галилео» к Юпитеру — должны были стартовать с шаттла и их временно отложили. То же самое происходило буквально со всеми научными миссиями NASA. Решив, что в области исследований космоса ничего принципиально нового не произойдет до конца 1980-х гг., когда возобновятся полеты шаттлов, Алан решил вернуться в университет и получить докторскую степень.