Выполнение этой задачи во многом зависело от тщательной оптической навигации и включения ракетных двигателей, которые космический аппарат использовал, чтобы приблизиться к времени максимального сближения. Но математический анализ показал, что только этого может быть недостаточно для того, чтобы гарантировать прибытие в критически важные ± 540 с. Поэтому разработчики космического аппарата в Лаборатории прикладной физики также добавили кое-какое программное обеспечение для того, чтобы исправлять ошибки в расчете времени, когда включать двигатель станет уже слишком поздно. Оно называлось «поправка узнавания времени» и фактически регулировало бортовые часы на «Новых горизонтах», заставляя космический аппарат считать при выполнении основной программы, что времени сейчас немного больше или меньше, чем на самом деле. В конечном результате все запланированные пролетные операции проводились раньше или позже на срок до 540 секунд, чтобы достичь соответствия с окончательным, запланированным временем прибытия. Этот процесс был много раз протестирован на наземных симуляторах с использованием NHOPS. Но во время пролета Юпитера в 2007 г. он не понадобился, так что по-прежнему так и не был задействован непосредственно на борту «Новых горизонтов».
С приближением космического аппарата к Плутону команда оптической навигации каждый день использовала новые фотографии, чтобы определить, насколько реальное положение дел расходится с расписанием максимального сближения, а затем рассчитывала поправку узнавания времени, необходимую, чтобы исправить это расхождение. Параллельно с этим Лесли Янг и ее команда по планированию встречи с Плутоном использовали замысловатое программное обеспечение, чтобы создать «отчет о научных последствиях», в котором каждое научное наблюдение при максимальном сближении имитировалось для заново рассчитанной ошибки в расписании, если предположить, что она не будет исправлена. При этом можно было сделать вывод, будет ли наблюдение успешным или нет.
Примечательно, что после того, как было произведено последнее включение двигателя и «Новые горизонты» вышли на траекторию максимального сближения, предсказываемые погрешности определения времени стали поразительно невелики — менее двух минут — и вполне укладывались в девятиминутную максимально допустимую ошибку. Доклады Лесли о научных последствиях показывали, что ни одно из наблюдений не сорвется при текущем расхождении, хотя некоторые измерения можно было бы улучшить, если их отцентрировать, то есть если команда проведет коррекцию поправки узнавания времени.