Кроме того, команда предложила несколько способов сделать работу аппарата около Плутона особенно эффективной. Пролет должен был быть быстрым, обойти это условие невозможно. Космический аппарат промчится мимо Плутона со скоростью более 48 000 км/ч, и все самые важные наблюдения должны быть сделаны буквально за несколько часов. Поэтому конструкция зонда предполагала возможность во время пролета включить до пяти инструментов одновременно, а также у него был значительно увеличен объем бортового твердотельного запоминающего устройства, способного сохранить огромное количество данных, в 32 раза превосходящее то, которое, как обещали, соберет «Плутон — Койпер экспресс». Вместе с тем конструкция позволяла аппарату выполнять очень быстрые повороты от Плутона к Харону и обратно, что давало возможность включить еще больше научных наблюдений в тщательно срежиссированный план дня максимального сближения с планетой.
Ради обеспечения всего этого нужно было очень тщательно компенсировать расходы экономией затрат в других частях космического аппарата и всей экспедиции в целом, чтобы вместить предложение в финансовые рамки NASA. Самым оригинальным решением был план держать аппарат в «спящем режиме» для экономии энергии на протяжении большей части полета. Это означало, что АМС «заглушит» почти все свои системы на годы, которые займет путь от Юпитера до Плутона, а активными останутся только те, которые необходимы для поддержания минимальной связи и решения навигационных задач. Такой «спящий режим» не практиковался ни в одной из предыдущих экспедиций NASA (хотя в некоторых проектах полета к Плутону он предполагался), но — что очень важно — обещал значительно сократить расходы на персонал, осуществляющий управление полетом, поскольку для того, чтобы обеспечить контакт с аппаратом в таком режиме, требовалась минимальная команда. Благодаря этому и другим нововведениям в управлении полетными операциями команда планировала добраться до Плутона со штатом сотрудников менее чем из 50 человек, что было огромным достижением по сравнению с 450 людьми, которые управляли «Вояджером». Также команда «Новых горизонтов» решила целенаправленно понизить телекоммуникационные возможности аппарата: у Плутона он должен был передавать информацию в десять раз медленнее, чем «Вояджер» у Нептуна. Это позволяло обойтись меньшей антенной, с малым весом и меньшей стоимости, а также радиопередатчиком небольшой мощности. Таким образом, аппарату достаточно было одного радиоизотопного термоэлектрического генератора вместо двух. Все это давало экономию энергии, массы и средств. Идея появилась, когда удалось увеличить количество данных, собираемых у Плутона, безопасно сохранить их на борту космического аппарата и, таким образом, получить достаточно времени, чтобы передать информацию на Землю. Команда, работающая над предложением, взяла на вооружение магическое заклинание: «Если вы можете потратить почти десять лет, чтобы добраться до Плутона, то, конечно, у вас найдется еще годик, чтобы передать все данные на Землю».