С новости о том, что команда «Новых горизонтов» попала в финалисты, начались три месяца бесконечных путешествий из Колорадо в Мэриленд и обратно, новые, более подробные конструкторские проработки, анализы стоимости, анализы производительности приборов, дополнительное планирование возможности пуска в 2006 г., проверки «красной команды» и работа до поздней ночи семь дней в неделю. Вдали от родных мест домом для членов команды стал отель «Шератон» в Колумбии, штат Мэриленд, находящийся буквально в десяти минутах езды к северу от Лаборатории прикладной физики. Они так часто засиживались допоздна, работая в баре, с пивом и ноутбуками на коленях, делая заметки на салфетках, что персонал отеля знал их всех по именам. Одна из барменов, Линда Лаппа, стала постоянно обслуживать эти собрания в сверхурочное время, и ее с нежностью добавили в некоторые неофициальные списки команды как «бармена проекта».
Последние несколько недель перед 18 сентября — конечным сроком подачи «лучшего и последнего» предложения — были сумасшедшим броском на короткую дистанцию. Как часто говорила Лесли Янг, время поспать появится после того, как предложение будет подано.
10 сентября 2001 г. команда проводила последнюю проверку всех материалов перед тем, как они будут напечатаны и подписаны, а затем отправлены. Но на следующее утро, всего за неделю до подачи проектов, произошла ужасная трагедия — террористические атаки 11 сентября, которые потрясли всех. Все, кому достаточно лет, чтобы помнить этот день, вспоминают, где они были и что делали, когда услышали новость о нападении террористов в Нью-Йорке и Вашингтоне. Тревога, казалось, разлилась в воздухе, особенно в Мэриленде, который находится совсем недалеко от Вашингтона, где разбился один из самолетов. Все воздушные перевозки были прекращены. Лаборатория прикладной физики — само по себе оборонное учреждение — была полностью эвакуирована из-за сообщения о заложенной бомбе.
Как и все остальные жители страны, команда «Новых горизонтов» была в шоке из-за событий 11 сентября, но до срока, установленного NASA, оставалась всего неделя. Поэтому пришлось эвакуироваться из Лаборатории прикладной физики, и окончание работы над проектом превратилось в беспрерывное собрание в «Шератоне», где не откладывая в долгий ящик арендовали конференц-зал. Алан вспоминает: «Пережить такую трагедию было очень трудно, но мы должны были двигаться вперед. Думаю, каким-то образом наша национальная гордость в сочетании с мыслью о том, что мы работаем над проектом, который войдет в историю, помогали продержаться в эту ужасную неделю, когда мы столкнулись со столь бессмысленным разрушением».