После смерти Александра III Бадмаев стал личным врачом его наследника – императора Николая II (1894–1917). Новый царь вскоре поддержал идею организации торговой компании. Однако деятельность компании преимущественно сосредоточилась на тихоокеанском побережье, где на южной оконечности Маньчжурии находился незамерзающий порт – Порт-Артур, за контроль над которым боролись Россия и Япония. Поначалу Порт-Артур отошел к Японии, но вскоре верх взяла Россия. По приказу царя Транссибирская магистраль прошла через Северную Маньчжурию и была доведена до Владивостока, соединив этот город с Порт-Артуром. Впрочем, Николай II не принял бадмаевские предложения относительно Тибета.
Бурятский монах Агван Доржиев (1854–1938) учился в столице Тибета Лхасе с 1880 года и стал одним из официальных оппонентов в диспутах (ассистентом-наставником) Далай-ламы Тринадцатого. Он также сделался наиболее доверенным советником Далай-ламы в политических вопросах.
Англо-китайский договор 1890 года установил британский протекторат над Сик-кимом. Тибетцы не признали этот договор и чувствовали себя неуютно, догадываясь о видах британцев и китайцев на их страну. И вот в 1899 году Доржиев отправился в Россию, чтобы проверить, можно ли рассчитывать на помощь в отражении потенциальной агрессии. Доржиев был другом Бадмаева; он надеялся, что экспансия России в Северо-Восточной Азии, на территориях, принадлежащих Китаю, дойдет и до Гималайского региона. Во время этого визита, а также нескольких последовавших за этим приездов в Россию Доржиев был принят графом Витте. От имени живших в Санкт-Петербурге бурят и калмыков Доржиев также испросил позволения построить в столице буддийский храм. Хотя оба эти предложения не заинтересовали российских официальных лиц, Доржиев направил Далай-ламе письмо с отчетом, в котором выражалась надежда на получение помощи от России.
Поначалу Далай-лама и его министры колебались; однако, вернувшись в Лхасу, Доржиев убедил Далай-ламу обратиться к России за покровительством. Он заявил, что Россия – это и есть северное царство Шамбала, легендарная страна, хранящая учения Калачакры, и что император Николай II – перерождение Цонкапы, основателя традиции гелуг. Он обосновывал это свое утверждение тем, что царь покровительствует традиции гелуг, которой придерживались входившие в состав Российской империи буряты, калмыки и тувинцы. Убежденный доводами Доржиева, Далай-лама вновь направил его в Россию в 1900 году.
В это время министерство иностранных дел России возглавлял князь Эспер Ухтомский. Князь проявлял глубокий интерес к «ламаистской» культуре и позднее написал о ней несколько книг. Он устроил встречу Доржиева с императором – это была первая из аудиенций, где Доржиев выступал официальным представителем Далай-ламы. На протяжении последующих лет Доржиев не один раз путешествовал из Тибета в Россию и обратно, будучи посредником между царем и Далай-ламой. Однако ему так и не удалось заручиться обещанием российской военной помощи для Тибета.