Также бунтовщики разоряли особняки и имения уехавшей московской знати.
Петр Еропкин с остатками войск попытался восстановить порядок, призвал Великолуцкий полк. В его распоряжении были около 10 тысяч солдат и офицеров, которые картечью и штыковыми атаками оттесняли восставших.
16 сентября Еропкин ввел войска в город. Конница рубила бунтовщиков, остававшихся внутри Кремля, а солдаты кремлевского гарнизона пошли отбивать Чудов монастырь, в котором повстанцы оборонялись камнями. Мятежники были вытеснены с территории Кремля, но начали бить в набат в окрестных церквях, призывая народ присоединиться к бунту.
17 сентября бунтовщики опять подступили к Кремлю с требованием выдать им Еропкина и освободить пленных и раненых. Бунтовщики пришли за ним в особняк на Остоженке, но там его не нашли. В Спасских, Никольских и Боровицких воротах по приказу Еропкина были выставлены пушки и защитные отряды. Еропкин попытался договориться с восставшими, выслав на Красную площадь обер-коменданта, но в ответ посыльного «чуть… до смерти каменьями не убили». После трехдневных боев бунт был подавлен. По данным Еропкина, всего было убито около 100 человек.
Генерал Еропкин отправил Екатерине II донесение с докладом о событиях, прося прощения за кровопролитие в Москве и просьбой уволить его с должности. Императрица выслала генералу приказ об увольнении с непроставленной датой, предоставив возможность распорядиться им самостоятельно, а также наградила 20 тысячами рублей.
После подавления восстания для наведения порядка правительство направило в Москву четыре лейб-гвардейских полка под командованием Григория Орлова. Из Петербурга для ведения следствия и суда над бунтовщиками прибыла генеральная комиссия из восьми человек во главе с генерал-прокурором Всеволодом Алексеевичем Всеволожским. В Москве начались облавы и аресты, имена зачинщиков движения выясняли под пытками.
Власти по приказу императрицы удалили язык Спасского набатного колокола (на Набатной башне), собиравшего людей на улицах и площадях, чтобы предотвратить новые выступления. В 1803 году сам колокол был снят с башни и передан в Арсенал, а в 1821 году – в Оружейную палату.
Граф Орлов составил план мер по подавлению эпидемии. Он приказал открыть новые карантины, создать специализированные изолированные инфекционные больницы, увеличить число больниц общих практик и поднять жалованье докторам. Город разделили на 27 участков, на территории которых производился учет и изоляция больных, а также вывоз умерших. Выписанным из карантина предлагали материальную поддержку. На заставах за городом мужчинам платили по 15 копеек в день, а женщинам – по 10. Женатых людей, выписавшихся из больницы, награждали по 10 рублей, холостых – по 5. После этого люди охотно шли в карантин, если заболевали.