Чрезвычайно важным критерием политических партий является способ их внутренней организации.
Все кыргызские партии имеют четкие формы индивидуального членства, условия принятия в партию, определяют права и обязанности членов партии, внутреннюю структуру. Вместе с тем не обошлось здесь и без определенных нюансов. Так, уставы «Ата-Мекен», «Эркин Кыргызстан», Республиканской народной партии, Социал-демократической партии и Партии единства допускают создание внутри них фракций; устав Аграрной партии предполагает как индивидуальное, так и коллективное членство; в составе «Эркин Кыргызстан» имеются самостоятельные общественные объединения, а устав Аграрно-трудовой партии декларирует, что членство в партии, как правило, индивидуальное (очевидно, допускается и коллективное членство, хотя об этом прямо не говорится). Устав Партии экономического возрождения не требует от будущих членов партии заявления о вступлении в нее. Устав «Ата-Мекен» провозглашает весьма обширную автономию партийных организаций: территориальные организации могут иметь свои устав и программу, не противоречащие уставу и программе партии; решения партийной организации не могут быть отменены высшими органами партии. Устав «Манас-Эл» допускает членство в партии граждан других государств. «Асаба» и Партия горожан Бишкека, объединяющая жителей столицы, проживших здесь не менее 1 года и 1 дня, принимают в свои ряды с 16 лет (все остальные партии установили нижний возрастной ценз в 18 лет).
Все указанные выше отступления от так называемых классических норм, отсутствие в ряде позиций надлежащей определенности, четкости, несогласованность отдельных положений, их декларативность являются, с одной стороны, отражением политических особенностей современного Кыргызстана, а с другой – свидетельствуют об определенной молодости, незрелости политических партий, об отсутствии надлежащего опыта партийного строительства. Следует надеяться, что в процессе дальнейшего развития и укрепления партийной системы все неясности и недоработки будут устранены.
Подытоживая рассмотрение вопроса о современных политических партиях Кыргызской Республики, отметим, что пока еще преждевременно говорить о кыргызских партиях как о сложившихся, полноценных политических институтах. Ни одна партия в стране не имеет достаточного авторитета и влияния на политическую жизнь. Деятельность большинства партий сводится к принятию различного рода заявлений, обращений и проведению собраний, общественный резонанс которых невелик. Актив политических партий весьма узок и в большинстве случаев включает лишь руководство. А нередко бывает и так, что даже руководящие органы партий не проявляют должной активности. То же самое можно сказать и о многих народных депутатах, выдвинутых кандидатами соответствующими политическими партиями и получивших депутатский мандат во многом благодаря поддержке этих партий.