Позже я стал куратором кадрового управления и антитеррористического подразделения «Калкан». В конце июня 1999 года в Кыргызстан проникло несколько сот боевиков «Исламского движения Узбекистана» (ИДУ), которые базировались в Афганистане. Они стремились дестабилизировать обстановку в Ферганской долине, создать Халифат первоначально в долине, а затем в Центрально-Азиатском регионе. ИДУ было создано в 1996 году бывшими запрещенными в Узбекистане политическими партиями и движениями: «Адолат уюшмаси» (Общество справедливости), «Исламская партия Возрождения», «Исламская партия Туркестана», «Ислом Лашкорлари» (Воины Ислама) и др.
Вскоре после баткенских событий произошла очередная реорганизация спецслуб, сокращены заместители, в число которых попал и я. Министром иностранных дел Муратбеком Иманалиевым мне было предложено возглавить посольство Кыргызстана в Узбекистане. Возражений у меня не было. На мое решение во многом повлияло то, что возглавлял внешнеполитическое ведомство Иманалиев, опытный, компетентный, авторитетный руководитель. Мне он был известен по совместной дипломатической работе.
Деятельность посольства в соседнем государстве отличается особым напряжением. Практически ежедневно возникают различные неотложные политические, экономические, а порой бытовые вопросы, требующие пристального внимания. Тем более что приграничные территории после баткенских событий оставались заминированными, а сама граница не урегулирована, протяженность которой 1378 километров. Межправительственная комиссия по делимитации и демаркации границы, созданная в 2000 году, заседала регулярно, но каких-либо заметных сдвигов не происходило. Затруднений не вызывало описание границ там, где не проживало население. Приступил я к своим обязанностям в мае 2001 года, вскоре состоялось вручение верительных грамот Президенту Узбекистана Исламу Каримову. После моего краткого приветствия нас с советником посольства пригласили в зал переговоров. Помимо главы государства, в беседе принимал участие министр иностранных дел Абдулазис Камилов. Во время встречи Каримов выразил неудовольствие в связи с той неразберихой, которая творится в политической и экономической жизни нашей страны. О том, что за определенную мзду выдаются паспорта гражданам Узбекистана, скрывающимся от правосудия. Передал свою озабоченность руководству нашей страны. Во время переговоров Ислам Каримов в течение 30–40 минут излагает свою точку зрения аргументированно, убедительно и логично, зная, чего он хочет добиться, активно продвигает двухсторонние отношения. Весьма скептически относился к многосторонним связям, считая, что их решения аморфны и не жизнеспособны. Узбекистан вышел из состава ЕврАзЭС, приостановил членство в Организации договора коллективной безопасности (ОДКБ), инициировал упразднение Организации Центрально-Азиатского сотрудничества. Наряду с тем что руководитель Узбекистана был жестким переговорщиком, он выслушивал доводы собеседника и соглашался с ними, если они были аргументированны, об этом со мной делился посол ОБСЕ в Ташкенте. Достигнутые договоренности не подлежали изменениям.