Узбекистан один из первых признал новую власть. Мне сообщил об этом министр иностранных дел Эльер Ганиев. Я выразил признательность и попросил о помощи в обеспечении семенами хлопчатника, строительными и горюче-смазочными материалами. 12 апреля на железнодорожной станции Андижана состоялся митинг по поводу отправки 60 вагонов гуманитарной помощи.
Ничего не предвещало той трагедии, которая произошла в Андижане через месяц, в ночь с 13-го на 14 мая 2005 года. Боевики, сторонники осужденных бизнесменов, «акрамисты» двумя группами до 40 человек напали на патрульно-постовую службу УВД Андижанского вилоята (области). Другая группа из 40 боевиков штурмовала войсковую часть министерства обороны. Нападавшие похитили 64 автомата, 2 винтовки, 15 штык-ножей, более 4 тысяч патронов и автомашину ЗИЛ-130.
Около часа ночи две группы объединились и ворвались в тюрьму УЯ-64/Т- 1, протаранив ее ворота военным грузовиком. В тюрьме содержалось 737 заключенных, из них 527 были незаконно освобождены. Часть заключенных, вооружившись захваченным «акрамистами» оружием, приняла активное участие в захвате здания областной администрации, заложников, убийствах и уничтожении имущества. Тринадцатого мая все вооруженные группы по заранее намеченному плану выдвинулись к администрации области и захватили практически неохраняемое здание, убили сотрудника милиции. Мятежники начали связываться по телефону и вызывать к зданию хокимията своих родственников и близких, стягивать жителей близлежащих махаллей, случайных прохожих.
Ночью министр внутренних дел Закир Алматов проинформировал президента о случившемся в Андижане. В 7:30 Ислам Каримов был в областном центре, в штабе, для нейтрализации возникшей кризисной ситуации и освобождения заложников.
Вскоре после трагических событий послов иностранных держав, корреспондентов, аккредитованных в Узбекистане, пригласили в актовый зал здания Генеральной прокуратуры. Перед собравшимися начал выступать глава прокуратуры Рашитжон Кодиров. Неожиданно для аудитории и сотрудников прокуратуры в зал вошел президент Ислам Каримов. Послушав некоторое время выступление Кодирова, взял ведение встречи в свои руки. Он выступил перед прессой и дипломатами: «… Переговоры с нашей стороны вел министр внутренних дел Закир Алматов и руководитель областной администрации Сайдулло Бегалиев. Подключались и другие, но в основном- эти лица. В первую очередь мы выявили, кто формально, я подчеркиваю это слово – формально, является руководителем всей этой группировки. У них было достаточно мобильных телефонов, и мы установили номера их, затем с этим формальным лидером стали вести переговоры по телефону. Мы им задали простой вопрос: „Что вы хотите?“ И поставили им наше условие: освободите заложников, покиньте здание, никто вас пальцем не тронет, мы готовы подогнать автобусы, и вы сможете сесть в них даже со своим оружием.