Перед Спецкомитетом ставились следующие задачи: развитие научно-исследовательских работ по использованию внутриатомной энергии; создание сырьевой базы СССР по добыче урана, а также использование урановых месторождений за пределами Советского Союза; организация промышленности по переработке урана и производству специального оборудования; строительство атомно-энергетических установок. Для непосредственного руководства указанными работами при Совнаркоме СССР было создано Первое Главное Управление. И никакие организации, учреждения и лица без особого разрешения ГКО не могли и не имели права вмешиваться в деятельность ПГУ. Вся отчётность Первого Главного Управления направлялась непосредственно в Бюро Совмина СССР.
В подчинении ПГУ находились важнейшие производственные объекты будущей советской атомной промышленности: завод № 48, производивший горнорудное и химико-технологическое оборудование для уранодобывающих предприятий; завод № 12, производивший металлический уран, а также строительство:
комбината № 6 для добычи и переработки в концентрат урановой руды; комбината № 817 (п/я Челябинск-40) для получения радиохимическим методом плутония-239; комбината № 813 (п/я Свердловск 44) для обогащения урана 235 газодиффузным методом; завода № 412 (п/я Свердловск-45) для обогащения урана 235 методом электромагнитного разделения изотопов. В наше время вся эта промышленность уничтожена по просьбе Сионистских Штатов Америки, а трудовые коллективы выброшены на улицу.
Ведущими научно-исследовательскими и опытно-конструкторскими организациями ПГУ были: Лаборатории № 1 и № 2, филиал Лаборатории № 2 (впоследствии КБ-11) и Лаборатория№ 3. Из НКВД в ПГУ передали головной технологический институт атомной промышленности НИИ-9, из Министерства химической промышленности — НИИ-13 и НИИ-26. Проектные работы велись в в ГСПИ-11 и ГСПИ-12 (Московская Проектная контора).
На границе Мордовской АССР и Горьковской области, в посёлке Саров, было решено создать ядерный центр. Здесь находился завод № 550 бывшего Наркомата боеприпасов, в 1946 году перешедший в ведение Наркомата Сельхозмашиностроения.
С начала 1946 года и до 1990-х годов не только ядерный центр КБ-11 (с 1 января 1967 г. ВНИИЭФ), но и вся жилая зона объекта были жёстко закрыты от внешнего мира. Посёлок Саров был стёрт со всех карт СССР и исключён из всех учётных материалов.
Коллектив КБ-11 должен был разработать ядерную бомбу в двух вариантах: в плутониевом с использованием сферического обжатия (РДС-1) и в урановом с пушечным сближением (РДС-2). Плутониевую бомбу планировалось представить на испытания до 1 января 1948 года, а урановую — до 1 июня 1948 года. Но в феврале 1948 года срок изготовления и испытания ядерных бомб перенесли на март-декабрь 1949 года. Оба варианта разрабатывались параллельно, но изготовление уранового заряда по ряду объективных причин проходило с опозданием на полтора года.