Вернувшись в Падую, он всерьез приступил к созданию своего великого труда. Калькар делал рисунки во время вскрытий, проводимых Везалием, который разоблачал одну ошибку Галена за другой. Молодые люди обсуждали их, составляли схемы и делали записи. В целом, они выявили более двухсот неточностей. Некоторые из самых сакральных элементов учения Галена не были обнаружены в телах людей, среди них жемчужина в диадеме средневековой медицинской теории – rete mirabile (чудесная сеть).
Исследования проводились в сотрудничестве с администрацией Падуи, которая не препятствовала передаче тел мертвых преступников неутомимому бельгийскому профессору и даже откладывала казни до тех пор, пока ему не понадобится новый объект для вскрытия. Когда Калькар полностью закончил оформление иллюстраций, Везалий приступил к описанию. В своей работе, обращаясь к своей потенциальной аудитории, он подчеркивал, что очень важно проверять его заявления, самостоятельно выполняя препарирование трупов, и давал четкие инструкции для каждой части тела. Следует проводить рассечение одной и той же структуры в разных телах, рекомендовал он, чтобы исключить индивидуальные особенности и убедиться в достоверности приведенных им данных. Ни один из признанных авторитетов не должен быть священным, включая самого Везалия, который сегодня объявил всему миру, что Галена «обманули его обезьяны». Ни обезьянам, ни поколениям компиляторов и переводчиков, ни даже самому древнему греку больше не позволялось обманывать кого-либо.
До этого момента Везалий проявлял большое уважение к заслугам Галена. Без устали изучая оригинальные греческие тексты, он испытывал трепет перед экспериментальными методами своего выдающегося предшественника, который, несомненно, послужил серьезным стимулом для его исследовательского энтузиазма. Но к тому времени, когда Везалий закончил сбор материала для Fabrica, он открыто выразил свое презрительное отношение к деградации, которой подверглась греческая наука, и к врачебной практике своих современников, называющих себя учениками Галена:
После нашествия готов, оставивших в руинах все ранее процветавшие и надлежащим образом практикуемые науки, более модные врачи… стали стыдиться работать руками и делегировали рабам заботы, в которых, по их мнению, нуждались их пациенты… Приготовление пищи для больного они оставили медсестрам; составление лекарств – аптекарям; хирургические операции – цирюльникам…
Прискорбное расчленение искусства исцеления применяется в наших школах, и сегодня в моде отвратительная методика, когда один человек проводит вскрытие человеческого тела, а другой занимается описанием органов. Лекторы восседают на вершине кафедры, как галки, и высокомерно разглагольствуют о вещах, которых никогда не видели, но помнят из книг, написанных другими, или читают тексты, лежащие перед их глазами… Таким образом, весь процесс обучения организован неправильно, дни проходят впустую в обсуждении абсурдных вопросов; и в этой путанице учащийся увидит меньше, чем мясник в своей лавке может показать врачу.