Военные неудачи обострили борьбу «партий» и в самом Конвенте. Якобинцы открыто обвиняли жирондистов в измене, натравливая на них плебс. Особенно усердствовал Марат. Жирондистам удалось добиться предания его суду Революционного трибунала, но тот оправдал «друга народа». 18 мая Конвент постановил создать «Комиссию двенадцати» для расследования действий, направленных против общественного спокойствия. Эта Комиссия, куда вошли жирондисты и умеренные депутаты, отдала приказ об аресте за подстрекательские призывы журналиста Эбера, являвшегося также заместителем прокурора Коммуны. В ответ секционные активисты приступили к подготовке восстания. 31 мая отряды национальной гвардии окружили Конвент и, направив на него орудия, потребовали роспуска Комиссии двенадцати и предания суду 22 жирондистов. Депутатам удалось успокоить народ, ограничившись ликвидацией Комиссии. Однако недовольные таким исходом руководители восстания вновь подняли плебс 2 июня и опять осадили Конвент. Под угрозой применения насилия и под нажимом якобинцев «болото» дрогнуло. Большинство проголосовало за арест 29 жирондистов. Власть в Конвенте перешла к монтаньярам.
Известие о насильственном изгнании депутатов-жирондистов из Конвента вызвало в провинции движение протеста, которое якобинцы назвали «федералистским мятежом». Власти северных департаментов начали формировать армию для наступления на Париж. Движение охватило также крупные города Юга — Бордо, Марсель, Ним и др. В самом же Париже юная республиканка из Нормандии Шарлотта Корде 13 июля убила Марата, надеясь, что смерть «этого чудовища» позволит остановить гражданскую войну. Хотя инициатива протеста исходила от местных республиканских властей, в некоторых местах к руководству движением пришли роялисты. Так, муниципалитет Тулона под влиянием роялистов сдал город англичанам. В восставшем Лионе, где глава местных якобинцев Шалье был арестован еще 29 мая, а спустя несколько недель казнен, офицеры-роялисты взяли на себя командование повстанческими отрядами.
На фронтах республиканские войска терпели одну неудачу за другой. После упорной обороны пал Майнц. С северо-востока успешно развивалось наступление австрийской армии. Англичане захватили французские колонии в Вест-Индии. Вандейские повстанцы, разгромив правительственные войска на своей территории, попытались прийти на помощь шуанам — партизанам-роялистам Бретани.
В этой сложнейшей ситуации захватившие власть монтаньяры постарались обеспечить себе поддержку масс. 3 июня появился декрет о продаже конфискованных у эмигрантов земель небольшими участками с рассрочкой в 10 лет. 17 июля были полностью и безвозмездно отменены все сеньориальные повинности. 24 июня Конвент принял новую Конституцию. Согласно ей, республикой должно было управлять однопалатное собрание, избираемое прямым голосованием всех граждан мужского пола, достигших 21 года. Наряду с представительным органом предполагалось введение элементов прямой демократии: законы передавались на утверждение первичным собраниям избирателей, и тот закон, против которого высказывалось определенное количество таких собраний, подлежал вынесению на референдум. Подобная процедура участия каждого гражданина в законотворчестве могла импонировать массам своим демократизмом, но едва ли была реально осуществима. Впрочем, якобинцы и не собирались немедленно вводить Конституцию в действие, отложив это до «мирного времени».