Помимо мер устрашения, революционные власти активно проводили военно-организационную работу. В Комитете общественного спасения ею занимались Карно, Ленде и Приер (из Кот-д’Ор), которых называли «специалистами», в отличие от остальных членов Комитета — «политиков». В короткий срок были созданы новые мануфактуры для производства оружия, боеприпасов и снаряжения, налажено снабжение войск. Бесперебойное пополнение армий личным составом обеспечил декрет от 23 августа о массовом призыве новобранцев, фактически — закон о всеобщей воинской обязанности.
Энергичные усилия позволили якобинскому правительству в достаточно короткий срок переломить ситуацию. Уже в июле был подавлен «федералистский мятеж» в Нормандии, 25 августа — в Марселе. 9 октября правительственные войска штурмом взяли Лион, 16 октября без боя вступили в Бордо. Тулон пал 19 декабря после ожесточенных боев, в которых особо отличился артиллерийский офицер Наполеон Бонапарт. В декабре на правом берегу Луары были разгромлены основные силы вандейцев.
За военными победами над внутренними противниками следовали жестокие репрессии. После взятия Лиона Конвент постановил разрушить этот город. Под руководством депутатов Ж. М. Колло д’Эрбуа и Ж. Фуше многие здания были взорваны, две тысячи жителей казнены. В Нанте по приказу «проконсула» Ж. Б. Каррье несколько тысяч людей было утоплено в Луаре. В Вандее карательные отряды — «адские колонны» генерала Тюрро — вырезали целые деревни, не щадя ни детей, ни женщин.
На внешних фронтах осенью 1793 г. непосредственная угроза Республике также была устранена. Французские войска под командованием Журдана и Карно отбросили силы коалиции на северо-востоке. Генералы Гош и Пишегрю нанесли ряд поражений пруссакам и австрийцам в Эльзасе. К концу года практически на всех направлениях, кроме пиренейского, армии Республики вытеснили врага с французской территории. В следующую кампанию они перенесли боевые действия уже на территорию неприятеля. Наиболее важной в 1794 г. стала победа армии Журдана над объединенными силами коалиции при Флерюсе 26 июня, после чего вся Бельгия перешла в руки французов.
С ослаблением внешней опасности обострились противоречия внутри революционного лагеря. Если в сентябре-октябре 1793 г. и Робеспьер, и ультралевые — руководители Коммуны Шометт и Эбер — вместе участвовали в разгроме «бешеных», которые вновь попытались оказать давление на власть, потребовав дальнейшего ужесточения государственного контроля над экономикой, то уже в ноябре робеспьеристы и эбертисты заняли диаметрально противоположные позиции по вопросу об отношении к католической религии.