На несколько дней Самойловича привезли в Москву, в пересыльную Бутырскую тюрьму, а потом отправили в Архангельск, откуда перевели в Холмогоры. Товарищи по ссылке не упускали случая пошутить: у тебя, дескать, и у Михайлы Ломоносова общая судьба, с той лишь разницей, что великий помор уехал из Холмогор во Фрейберг, а тебя из Фрейберга доставили в Холмогоры, да еще в кандалах!
Миновали считанные недели, и вот уже в бесконечно длинном списке лиц, разыскиваемых полицией, появляются приметы 25-летнего государственного преступника, «бежавшего из места водворения неизвестно куда». Разыскивался Самойлович Рудольф Лазаревич, роста выше среднего, с волосами на бровях, усах и на голове темно-русыми, с носом обыкновенным, лицом чистым, глазами карими и в очках (которые близорукий Самойлович носил всю жизнь и даже числился у жандармов под кличкой «Очко»).
Еще раньше, на воле, он сумел, проявив завидную предусмотрительность, обзавестись чужим паспортом — его подарил ему в Ростове некий либерально настроенный банковский служащий. С этим документом Самойлович бежал не куда-нибудь, а прямо в Петербург, где тотчас же включился в революционную работу. Устроившись для отвода глаз бухгалтером в какое-то учреждение, он установил связь с комитетом РСДРП Московского района и занялся пропагандой среди заводских и фабричных рабочих. Скоро он вошел в боевую организацию большевиков, где слушал лекции опытных наставников и делал бомбы (в специальной лаборатории в Куоккале)…
Не азартный юноша-правдоискатель, а бывалый подпольщик — таким был Самойлович в страшные столыпинские времена. Он умело уходил от слежки, ни разу не попался в руки жандармов и был схвачен совершенно случайно: полиция за кем-то охотилась, дом, в котором жил Самойлович, оцепили, провели в квартирах повальный обыск, и тут-то обнаружилось, что данный жилец вовсе не бухгалтер, не ростовский служащий Шушпанов, не минский мещанин Александр Николаевич Сорокин и не какой-то Николай Александрович Староверов (при обыске были найдены все эти документы). Таиться больше не было смысла, пришлось признаться в побеге из архангельской ссылки. Был август 1908 года.
За побег, за проживание в столице по подложному паспорту Рудольф Лазаревич Самойлович был по этапу выслан в Пинегу, поселок в Архангельской губернии, сроком на 3 года. Живя в лесной глухомани, на берегу реки Пинеги, правого притока Северной Двины, он словно впервые вспомнил о том, что является дипломированным геологом, горным инженером, знаний которого ждет не дождется нехоженый северный край! Вместе с другим геологом — ссыльнопоселенцем Нестором Алексеевичем Куликом (их с той поры связала пожизненная дружба) — Самойлович начал проводить детальное обследование рек Пинеги и Кулоя. В одном из номеров «Известий Архангельского общества изучения Русского Севера» за 1909 год появилась первая научная работа молодого горного инженера о гипсовых пещерах Пинежского уезда. Но бок о бок с ним в Пинеге жило около 100 политических ссыльных, и мог ли он остаться в стороне от своей предыдущей «работы»?! В полицейских документах не замедлила появиться запись: «Состоит членом Пинежской группы социал-демократов».