3 января 1431 года англичане официально передают Жанну под юрисдикцию инквизиции с формулировкой: «…чтобы всякий раз, когда это понадобится названному епископу, люди [короля] и чиновники, которым, поручена ее охрана, будут выдавать ему сию Жанну, чтобы он мог ее допрашивать и судить согласно Богу, разуму, божественному праву и святым канонам». Вот тут-то у Пьера Кошона и возникают первые существенные затруднения в отправлении церковного права.
Как мы помним, Sanctum Officium, священная инквизиция, являлась своего рода службой социальной и государственной безопасности Средневековья, противодействующей покушениям на основы общественного устройства. Инквизиция была полностью отделена от светских властей, пускай и сотрудничала с ними — на положении старшего партнера, поскольку системообразующим ядром католического мира являлась Святая Мать-Церковь, а не светские государства. Соответственно, все, кто попадал под церковный суд по обвинениям духовного характера, обязаны были содержаться отдельно от обычных преступников, проходящих по административным или уголовным делам, дабы «не распространять зловоние ереси и не склонять к еще большему греху».
Англичане настояли, чтобы Жанна д’Арк содержалась именно в светской королевской тюрьме, а не в епископской, что само по себе было грубейшим нарушением процессуальных правил инквизиционного суда как структуры, формально независимой. Безусловно, Пьер Кошон испытывал мощное давление со стороны своих английских патронов, не желавших выпускать столь ценную пленницу из своих рук, — когда один из церковных прелатов, участвовавших в предварительных слушаниях, попытался указать на этот факт, Кошон мрачно заявил, что перевод Жанны в тюрьму инквизиции «не понравится англичанам».
Возникли и другие неприятные сюрпризы. Инквизиция (за исключением Испании в недалеком будущем) была организацией строго централизованной, подчинявшейся Риму, но в каждом регионе назначался свой инквизитор, чья ответственность распространялась строго на вверенную ему территорию.
Доминиканец Жан Граверан, генеральный инквизитор Франции, поспешил избежать присутствия на процессе, понимая, что он не вправе ввязываться в конфликт между Францией и Англией, поскольку это бросит тень на его непредвзятость — глава французской инквизиции отговорился спешным делом и чрезвычайной занятостью. Викарий Руанский, то есть представитель Sanctum Officium в самом городе, Жан Деметр, тоже сначала игнорировал крайне настоятельные предложения участвовать в суде, но по приказу Граверана все-таки занял свое место среди заседателей лишь в марте 1431 года — большое начальство, очевидно, спихнуло ответственность на подчиненного, а церковная дисциплина тогда была куда строже армейской.