Воспользовавшись отсутствием Наримонта, шведское войско «с многими кораблями и людьми» взяло крепость. Осада, по-видимому, была недолгой, а сопротивление сломлено «льстивыми» обещаниями. Был пленен весь посольский корпус, участвовавший в предшествующих переговорах со скандинавским соседом, — 10 новгородских бояр во главе с тысяцким Авраамом. Горожане были отпущены за выкуп.
Шведы оставили в городе гарнизон из 800 человек. Это был крупный успех противника. Под угрозой оказался весь район Невы.
Семь месяцев владели враги Ореховом. В том же 1348 году новгородцы после длительной осады отважились на штурм городка. К деревянным стенам подкинули горящий хворост, они загорелись. Шведы устремились в каменную башню. Новгородцы, сокрушая врагов, ворвались в укрепление. В пламени штурма крепость 1323 года сгорела. Нетронутой, очевидно, осталась лишь башня, послужившая последним прибежищем осажденным.
По летописным описаниям мы можем представить себе первоначальный вид Орехова, обнесенного деревянной круговой стеной с одной каменной башней. Такие образцы в северорусском крепостном зодчестве известны нам по Изборску (между 1303 и 1330 годами) и Кореле (1364 год). Судя по башне 1364 года, обнаруженной в Кореле, диаметр подобной постройки достигал 9 метров. Все же Ореховская крепость вряд ли занимала весь остров. Подтверждение этому мы находим и в таких летописных выражениях, как «оступи», «приступиша», «прикинув примет» (то есть хворост), словно речь идет о сухопутной осаде высадившегося на остров войска.
События, разыгравшиеся на Ореховом острове в 1348 году, имели последствия: в 1350 году состоялся обмен пленными, и тогда же «ореховским серебром» была поновлена церковь Бориса и Глеба в Новгороде. Так как Орехов только что пережил бедствия войны, то правдоподобна версия историка и писателя Н. М. Карамзина, что серебро на украшение крупнейшей новгородской церкви было трофейным.
В связи с пожаром крепости возникла необходимость вновь срочно укрепить Орешек. В 1352 году новгородские бояре и «черные люди» били челом своему владыке архиепископу Василию, чтобы он, как гласит летописное сообщение, «ехал и устроил башни в Орехове». Наказ был выполнен в короткий срок, и вскоре среди невских волн поднялся новый «град каменный» Орешек. Крупнейший новгородский политический деятель и дипломат того времени архиепископ Василий, видимо, хорошо разбирался в военном деле. С его именем связаны крупные работы по строительству каменных укреплений Новгорода.
Необычная, общенародная просьба новгородцев и участие фактического главы Новгородской республики придали ореховскому строительству характер чрезвычайности. Новое укрепление возводили не деревянным, а каменным. Орешек после Ладоги (1114 год), Копорья (1297 год), Пскова (1309 год), Новгорода (1302 год), Изборска (1330 год) был на северо-западе Руси шестой цельнокаменной русской крепостью и, что особенно важно, явился первой крепостью с несколькими каменными башнями. По-видимому, именно события 1348 года ускорили появление и распространение на Руси нового типа многобашенных каменных сооружений. В стратегически важном для Руси районе — на приневских землях — был опробован новый фортификационный прием, который через два-три десятилетия стал необходимостью и позволил резко усилить всю систему обороны городов.