Немалая часть наших знаний об обществе периода Дзёмон, включая керамику, проистекает из раскопок раковинных куч, то есть мусорных насыпей. Огромные раковинные кучи вблизи поселений сохраняют свидетельства пищевых предпочтений, повседневного быта и погребальных практик. Высокое содержание кальция и щелочей в таких мусорных насыпях замедляют разложение, и археологам удается обнаружить остатки пищи, инструменты и другие артефакты эпохи Дзёмон. Находки из насыпей свидетельствуют, что люди той эпохи жили охотой и собирательством: они питались орехами, плодами, кореньями, рыбой, моллюсками и мясом животных. В мусорных насыпях находят оленьи, кабаньи и медвежьи кости; кости и раковины десятков видов рыб и моллюсков; каменные и деревянные инструменты; луки и наконечники стрел; крючки для рыбной ловли и наконечники гарпунов; фрагменты весел и рыболовных сетей; украшения, например лаковые гребни или серьги из ракушек.
Раковинные кучи впервые обнаружил американский зоолог Эдвард Сильвестр Морс в 1877 году. Морс, нанятый новым правительством Мэйдзи для модернизации системы образования, заметил большой холм из окна поезда между Йокогамой и Токио. В сентябре 2016 года в пещере на островах Окинавы был найден древнейший в мире рыболовный крючок возрастом около 23 000 лет, изготовленный из раковин морских улиток.
Археологические раскопки выявили полуоседлые поселения, представляющие собой небольшое скопление землянок, рассчитанных на пять-шесть человек; пол в них находится заметно ниже уровня земли, а в центре расположен очаг. Иногда в таких поселениях встречаются расставленные по кругу высокие каменные палицы — вероятно, они использовались для деревенских ритуалов, связанных с охотой и рыболовством. Общины Дзёмон, возможно, вели натуральное хозяйство, однако торговля, видимо, тоже имела место: соль из прибрежных районов находят в горных поселениях, а обсидиан и другие горные минералы, использовавшиеся для изготовления инструментов, обнаруживаются в прибрежных деревнях. Также в этот период начинается примитивное земледелие, по-видимому подсечно-огневого типа — в небольших количествах выращиваются бобовые, бахчевые и зерновые, например ячмень и просо.
Могилы были небольшими и представляли собой простые ямы, в которые помещали тела. Как жилища, так и погребения в поселениях не имеют значительных различий между собой, вследствие чего ученые предполагают, что общество эпохи Дзёмон не имело классового или имущественного расслоения. Вероятно, еды в тот период производилось недостаточно для того, чтобы прокормить элиты, которые не были бы заняты трудом.