В пятницу 20 февраля он выехал вместе с Баха ад-Дином встретить караван, возвращавшийся из хаджа. Султан был не вполне здоров, к тому же стоял сезон дождей. Дороги превратились в потоки из-за сильных ливней, а он был настолько неосмотрителен, что забыл надеть свой привычный стеганый гамбезон. В ту ночь у него начался жар. Возможно, это был очередной приступ, как ее называют арабские авторы хроник, желтой лихорадки, причиной которой было заражение крови. На следующий день Саладин не смог выйти к обеденному столу и присоединиться к сотрапезникам. И при взгляде на его сына, сидевшего на месте отца, у многих появились слезы на глазах. Все восприняли это как дурное предзнаменование. С каждым днем султану становилось все хуже, голова у него раскалывалась от боли, и он испытывал невыносимые страдания. На четвертый день доктора пустили ему кровь; и с этого момента положение Саладина начало все больше ухудшаться. Жар сжигал его кожу, и он становился все слабее и слабее. На девятый день Саладин начал забываться, впал в состояние оцепенения и не мог уже принимать лекарство. Каждый вечер Баха ад-Дин и визирь аль-Фадиль приходили навестить его или же выслушать сообщение врача. Иногда они выходили из покоев султана, всеми силами сдерживая слезы, ведь огромная толпа собравшегося у дверей люда старалась по выражению их лиц узнать, как чувствует себя их господин. В воскресенье на 10-й день болезни лекарство принесло облегчение: больной смог выпить большую порцию ячменной воды и начал обильно потеть. «Мы возблагодарили Аллаха… и вышли из покоев, вздохнув с облегчением». Но это было всего лишь последнее усилие. Вечером во вторник секретарь и визирь были вызваны во дворец, но они не увидели султана, который быстро угасал. С ним произошло чудо. Когда читали исповедание веры и Священное Слово и дошли до того места, где говорится, что «Он есть Бог, и нет Бога, кроме Аллаха, это тот, кто знает все видимое и невидимое, Сострадательный Милостивый», султан пробормотал: «Истинно так». А когда дошли до слов: «В Него я верую», умирающий улыбнулся, его лицо просияло, и он отдал свою душу Богу.
Саладин умер в среду 4 марта 1193 г. в возрасте 55 лет.
Его похоронили в тот же день в садовом домике в цитадели Дамаска в час послеполуденной молитвы аср. Сабля, которую он носил во время священной войны, была положена рядом с ним. «Он взял ее с собой в Рай». При жизни он раздал все, что имел, и пришлось занимать деньги для его погребения и тратить их даже на покупку соломы для производства саманных кирпичей, которыми обложили могилу. Церемония погребения была проста, словно хоронили простого бедняка. Невзрачные похоронные дроги были покрыты куском обыкновенного полотна. Ни одному поэту не было позволено исполнить погребальную песнь, ни одному проповеднику – произнести проповедь. Когда толпа, теснившаяся в воротах, увидела погребальную повозку, поднялся великий плач, и настолько велико было горе народа, что никто не мог произнести слов молитвы, но все стенали и кричали. У всех лились из глаз обильные слезы, и лишь единицы не выражали громко своих чувств. Затем все горожане разошлись по своим домам и закрыли за собой двери, и лишь опустевшие и молчаливые улицы были свидетелями великой скорби. Только громко рыдавший секретарь и домочадцы отправились молиться на его могилу, чтобы выплакать свою печаль. На следующий день несметные толпы народа устремились к месту захоронения султана: они молились, читали Коран и призывали милость Аллаха на почившего.