В XIV в. начался распад централизованного сербского государства. Владетелем Милешево оказался боснийский бан Твртко I, который в 1377 г. короновался здесь как король Сербии и Боснии. При нем страна превратилась в сильнейшее государство на Балканах. Даже поражение сербов на Косовом поле, где сражался и он, не пошатнуло его положения. После смерти Твртко в 1391 г. Босния, разлагаемая еретиками-богумилами, значительно утрачивает многие территории. В 1446 г. в Милешевском храме воевода Степан Вукчич, противник боснийских королей, принимает на себя титул Светосавского герцога, вследствие чего управляемые им территории получили, став историческим, название Герцоговины.
Монастырь неоднократно подвергался разорениям, но каждый раз восстанавливался. Так, в 1459 г. турки полностью сожгли монастырь и разграбили монастырскую ризницу. При окончательном захвате османами сербских юмель во второй половине XVI в. монастырь также сильно пострадает. Будут разрушены монастырские стены, но вскоре восстановлены. Монастырь Ми-лешево сжигали, грабили и опустошали на протяжении XV–XVIII вв.
Интересно, что в начале XVI в. в основанной монастырской школе учились Баица Соколович, будущий турецкий великий визирь Мехмед-паша, и его родной брат — будущий сербский патриарх Макарий (1557–1572). Макарию, при поддержке своего брата-потурченца, в будущем во многом удастся восстановить многие опустевшие от разорений сербские обители. В это время монастырь Милешево будет основательно отремонтирован и достигнет своего наивысшего расцвета. Он превратится в авторитетный и богатый монастырь с многочисленной монашеской братией. Хорошие доходы сделали возможным развитие здесь культуры и ремесел. В монастыре заработает мастерская по переписыванию церковных книг, которая создаст за время своего существования более 700 шедевров. В 1544 г. в Милешево будет устроена и типография. В конце XVI в. монастырь посетят паломники из России, принесшие дары от Ивана Грозного и валашских и молдавских правителей.
В 1594 г. османский воевода Синан-паша, чтобы наказать сербов за поднятый ими мятеж и подавить национальное достоинство, приказал изъять из монастыря Милешево величайшую святыню сербского народа — мощи святого Саввы — и прилюдно сжечь на холме Врачар в Белграде (сейчас на этом месте воздвигнут храм Святого Саввы). Мощи основателя обители святого Владислава были спрятаны монахами монастыря так надежно, что до сих пор не обнаружены.
В XVIII в. обитель после очередного турецкого разорения полностью пустеет. Лишь в 1863 г. монастырь будет восстановлен на средства сербского князя Михаила Обреновича.