Новая страница в истории монастыря, как и всей истории страны, связана с именем бывшего монаха Даниила (Петровича) из села Негуши, который в 27-летнем возрасте был избран митрополитом и господарем Черногории. Он основал новую династию Петровичей-Негошей, правившей Черногорией до 1916 г. Первые господари были духовного звания и, совмещая митрополичий сан, проживали в монастыре. Уже позднее будет возведен королевский дворец за стенами обители. Владыка Даниил продолжил укрепление страны, но круто изменил внешнеполитический курс Черногории, отойдя от католической Венеции и сблизясь с православной Россией. С этих времен Цетинский монастырь станет олицетворением духовной связи между Черногорией и Россией, и в него неоднократно будут делаться вклады многими русскими монархами.
В 1701–1704 гг. митрополит Даниил восстанавливает Цетинскую обитель на другом месте, на склоне горы Орлиный Крест, получающую название Нового монастыря. Многие строительные материалы, колонны, резные капители и украшения старого монастыря были использованы при возведении нового, дабы придать ему символическую преемственность. В центре монастырского комплекса, из тесаного камня, возводится церковь Рождества Богородицы, в апсиду которой был вмонтирован каменный рельеф с двуглавым орлом — гербом господаря Ивана Черноевича, а над входом водружена плита от старого монастыря с памятным текстом об основании обители.
В Черногорию не раз будут вторгаться войска турок, и монастырь будет подвергаться разрушениям, но каждый раз будет восстанавливаться. В 1712 г. он был разграблен и разрушен, как и большая часть Черногории. Владыка Даниил вынужден был отправиться за помощью в Россию, где он получает от царя Петра I деньги на восстановление страны. Новый Цетинский монастырь восстановили одним из первых, и в 1724 г. он уже заблистал прежними красками.
В 1784 г. черногорским митрополитом становится Петр I Петрович-Негош, будущий прославленный святитель, почитаемый в сербских землях как Пётр Цетинский. Он сыграл исключительную роль в духовном единении страны и способствовал ее процветанию. В 1785 г., во время его визита в Россию, турки вновь нападают на Цетине и разрушают главную обитель страны. Знаменательно, что руководивший набегом паша Махмуд во время следующего нападения на Черногорию был убит, а череп его в качестве назидания захватчикам теперь хранится в Цети неком монастыре. Святой Петр построил себе в обители новую келью, которая сохранилась до сих пор, в ней хранится частица мощей святого Феодора Стратилата. Святой Петр скончался в 1830 г. и был прославлен спустя четыре года. Похоронен он был в церкви-усыпальнице на одной из вершин над монастырем. Церковь во времена правления Тито была снесена, а на ее месте в 1972 г. построен малопримечательный мавзолей. Существует легенда, что Негош сам завещал похоронить себя именно на вершине этой горы, дабы любоваться оттуда всей Черногорией. А когда ему предложили быть похороненным на самой высокой горе страны, то он скромно заметил, что, может быть, в будущем найдется владыка, который сделает для Черногории еще больше, тогда пусть он будет захоронен там. Мощи его теперь хранятся в монастырской церкви Рождества Пресвятой Богородицы.