К середине XVII в. главному собору обители уже потребовалась значительная реконструкция. В 1653 г. монастырь подвергся неожиданному нападению казаков. Многие обители края тогда были опустошены, разграблены и разорены. Не обошла беда стороной и Путны: Успенский собор сильно пострадал. Но за период 1654–1662 гг. господарями Василием Лупу и Георге Штефаном собор Успения Божией Матери был полностью восстановлен на старом фундаменте и в первоначальных формах. Сохранившийся храм дошел до нас в типичном для румынской Буковины стиле, называемом Стефановым, с характерными его чертами: парящая крыша, с чуть закругленными концами, входы с северной и южной сторон, полукруглые выдающиеся клиросы.
В соборе находится гробница святого Стефана, святость которого была неоднократно подтверждена его делами искренней заботы о родном отечестве, всецело преданного воле Бога и всегда благодарившего Его за великую милость. Его духовная глубина и молитвенный строй мыслей отчетливо доносятся до нас из слов, сказанных им незадолго до смерти: «Господи, Ты единственный, Кто знает, что в моем сердце. Никакая ересь, никакой обман, даже пламя юношеской страсти не смогли соблазнить меня. Но помоги мне укрепить свою веру на камне, который есть Сам Христос, чей крест я всегда держу у своей груди, и свою жизнь приклонить Тебе. Имею надежду непоколебимую к Отцу веков, с помощью Которого победил и изгнал всех врагов».
От построек Стефана Великого в монастыре сохранилось лишь единственное сооружение — огромная полукруглая Казначейская башня, построенная по его указанию.
Со временем в обители, рядом со святым Стефаном, найдут упокоение еще 28 молдавских господарей, в основном из династии Мушатинов. Таким образом, здесь образуется некрополь царственных особ, создававших на протяжении веков историю нации.
Монастырь за свою многовековую жизнь выдержал немало потрясений. Он трижды горел (1484,1536,1691 гг.), четырежды подвергался опустошительному ограблению (1622, 1653, 1691,1739 гг.), неоднократно страдал от землетрясений. Но самые страшные времена — это годы чужеземных оккупаций, в то время монастырь играл исключительную роль в сохранении национального самосознания румын.
В XVIII в. были организованы работы по обновлению всего монастырского комплекса, которые проводились митрополитом Иаковом Путнянул. За масштаб деятельности по реконструкции монастыря владыку считают вторым основателем обители, мирно скончавшимся в 1778 г. и захороненном в одной церкви со Стефаном Великим.
На протяжении 500 лет Путна станет важнейшим духовным и культурноисторическим центром Румынии. Уже в новое время здесь будут проходить общенациональные празднества, которые отмечались в знаменательные даты: в 1871-м, 1904-м и 2004 г. Уже современная летопись монастыря отмечает: «Это были высокие моменты, когда румыны, собравшиеся здесь, в румынском Иерусалиме, доказали, что они единый народ с единым Богом, единой верой и единым крещением. Это были всплески воскресения и глубокого пробуждения веры вто, что действительное возрождение невозможно без единения в молитве, в вере и надежде на Божию заботу». На этих торжествах могила Стефана, великого и святого, была названа «алтарем национального самосознания».