Дионисий также расписал иконостас собора, большей частью сохранившийся, но в настоящее время разрозненный. Шесть икон находится в Третьяковской галерее, пять в Русском музее, четыре в Кирилло-Белозерском монастыре.
К летнему собору Рождества Богородицы на протяжении времени пристраиваются дополнительные сооружения, как это часто принято на суровом севере, для экономии тепла. Таким образом, создается единый комплекс храмов, соединенных общими папертями. В 1641 г. с юга пристраивается шатровая церковь Мартиниана, в которой упокоились мощи преподобного, причем 'здесь установлена единственная в России резная деревянная рака. С севера в XVI–XVII вв. пристраивается колокольня, под которой образуется главный вход в комплекс. Немного в отдалении возводится трапезная и небольшая одноглавая церковь Благовещения (1530–1531). Возведенные в XVII в. церкви Богоявления и Ферапонта, пристроенные к более ранней Казенной палате, вместе со Святыми вратами, составили второй комплекс, где сегодня проводятся богослужения.
На протяжении своей ранней истории монастырь пользовался покровительством светских и духовных властей. Он становится местом поклонения и вкладов русской феодальной знати. Сюда на богомолье приезжали Василий III и Елена Глинская, Иван Грозный. Его вкладчиками являлись князья Ста-рицкие, Воротынские, Шуйские, Годуновы, Шереметевы и многие другие. Из его стен вышли многие видные иерархи Русской церкви. Также он был местом ссылки видных церковных деятелей, таких как митрополит Спиридон-Савва, патриарх Никон, переведенный позднее в Кириллов монастырь, и других.
В 1798 г. Ферапонтов монастырь упраздняется указом Синода, а его церкви становятся приходскими. В 1898 г. исследователи чудом находят сохранившиеся росписи Дионисия, а в 1904 г., в связи с 500-летием со дня основания, вновь открывается монастырь, но только как женский. В нем начинаются большие реставрационные работы, прерванные революцией. В 1924 г. он снова закрыт, настоятельница расстреляна. Лишь в 1970-е гг. здесь открывается «Музей фресок Дионисия».
После гибели во Вторую мировую войну уникальных новгородских храмов (Спаса на Нередице, Успения на Волотовом поле, Спаса на Ковалеве, Архангела Михаила на Сковородке) росписи Дионисия становятся еще более значимым фресковым ансамблем Древней Руси, представляющим блистательные вершины нашей православной культуры.
Софийский собор в Великом Новгороде
Одним из величайших памятников Древней Руси стала Святая София в Новгороде, возведенная лишь на несколько лет позднее первого собора Русского государства — Софии Киевской. Здесь она стала такой же главной святыней и олицетворением древнего града, о котором говорили: «Где Святая София, там и Новгород».