Первая построенная церковь на месте обретения иконы сгорит через семь лет, а отстроенная вновь будет гореть еще дважды — в 1395 и 1500 гг., но икона всегда будет оставаться невредимой. Святой образ неоднократно являл чудеса исцелений, и скоро слава о нем быстро распространилась по княжеству, превратив икону в почитаемую святыню земли Русской. В 1515 г. на средства великого князя Василия III строится (новгородцем Сырковым и итальянцем Фрязиным) каменный Успенский собор, по образцу московского собора Успения в Кремле. А в 1526 г. с просьбой о даровании наследника «мужеского пола» сюда прибывает и сам великий князь. Примеру отца последует и Иван IV, прибыв сюда на богомолье в 1547 г. перед венчанием на царство. По его же указу от 11 февраля 1560 г. и по благословению митрополита Макария при храме будет основан мужской монастырь, получивший название Богородично-Успенский, с самого начала возводимый как мощная крепость со рвом. Здесь были возведены также деревянная трапезная с церковью Рождества Богородицы, колокольня, 40 келий для братии и хлебопекарня. Первые каменные строения появятся здесь в конце XVI в. и одно из первых будет здание трапезной (1581 г.) с примыкающей к ней церковью. Она станет местом сборов монастырских и посадских людей Тихвина. В правление царя Феодора Иоанновича в 1593 г. возводится надвратный храм во имя Вознесения Господня с приделом Святого Феодора Стратилата, небесного покровителя царя. А во времена Бориса Годунова строится трехъярусная пятишатровая звонница — «часозвоня», повторившая формами Софийскую звонницу в Великом Новгороде.
Во времена Смуты монастырь не раз подвергался осадам. Особенно тяжкие испытания выпали обители от шведских отрядов Якоба Делагарди, которые в 1611 г. заняли Новгород и хозяйничали тогда на всем северо-западе России. Вначале они захватили монастырь и разместили в нем гарнизон в 120 человек, но после победы над польско-литовскими захватчиками и избранием царя Михаила Феодоровича сюда были направлены русские воинские отряды во главе с воеводами Вельяшевым-Вельяминовым и С. Прозоровским. Они захватывают Тихвинский монастырь и изгоняют шведов, но Делагарди бросает на обитель большие воинские силы, с приказом разорить монастырь до основания. Окрестные жители в ужасе укрываются в нем, затворившись за мощными стенами. Началась длительная осада. Монахи и ратники мужественно бьются на крепостных стенах, а народ беспрестанно молится пред чудотворным образом, моля Царицу Небесную не оставить своей милостью. 15 сентября 1614 г. осажденные не только отразили решительный штурм, но и нанесли поражение врагу. Так Тихвин стал центром освобождения всей новгородской земли. А день этот стал днем особого праздника «Всемирная радость», в который ежегодно служился молебен и совершался крестный ход. Шведы отступили, но через некоторое время к обители направились новые воинские отряды. В монастыре готовились к длительной осаде, но произошло чудо. При подходе к обители небольшой русский вспомогательный отряд был принят шведами за многотысячное войско, которому они не могли противостоять. То было Воинство Небесное, шествующее на помощь осажденным. На врагов тогда напал великий страх, и они в панике бежали. Весь народ прославил Матерь Божию за невидимую и всесильную помощь. После долгожданной победы в обитель прибыли царские послы, где сделали список со святыни и отправились с ним за пятьдесят верст в Столбово, где был заключен пред благодатным образом мир со Швецией (1617 г.).