Длительная война опустошила некогда процветавший край, и монастырь смог восстановиться лишь к середине XVII в. Но после восстановления здесь начинается большое строительство, развиваются ремесла, собирается библиотека. Успенский собор расписывается заново, часть росписей которого дошли до нашего времени. С 1669 г. начинаются работы по сооружению каменных укреплений, продолжавшиеся тридцать лет. В этот период формируется каменный ансамбль монастыря, ставший основой современного архитектурного комплекса.
В жизни Тихвина монастырь играл огромную роль, являясь центром просветительства и благотворительности, получив в народе наименование «Богородичной лавры». В начале XVIII в. здесь открывается богадельня для бедных и увечных людей, а также первая в городе школа, преобразованная в 1803 г. в Духовное училище. До революции город всегда был полон паломников, поток которых не иссякал к Тихвинской Божией Матери, прославленной многими чудотворениями. Многие царственные особы также приезжали сюда припасть к благодатному образу. В их числе был Петр I, Елизавета Петровна, Павел I, Александр I и Александр II, а также великие князья. Неисчислимое количество даров и пожертвований поступает в монастырь, а драгоценный образ украшается золотой ризой и драгоценностями. В числе коих было 4809 бриллиантов, 598 бриллиантовых роз, 141 алмаз, 4 изумруда, 5 яхонтов, 1 рубин, восточный жемчуг.
В 1920-х гг. монастырь закрывается, здесь размещается воинский гарнизон, а чудотворная икона передается в местный краеведческий музей. Все ценности, конечно, реквизируются. Полностью уничтожается монастырское кладбище с захоронениями известных исторических деятелей (князя Симеона Прозоровского, главного защитника обители от шведов, князя Ивана Шуйского, Иоанна VI Антоновича, свергнутого Елизаветой Петровной). Во время Великой Отечественной войны г. Тихвин оккупируется немецкими войсками, при отступлении они вывозят Тихвинский образ во Псков. В 1944 г. он был передан Православной церкви. Затем икону перевезли в Ригу, где ее торжественно встречает архиепископ Рижский Иоанн (Гарклавс), который вместе с отступающими немецкими войсками вывозит святыню в Германию, а оттуда в Чикаго, где становится епископом. Умирая, о. Иоанн завещал возвратить святыню в Россию — при условии полного возрождения Тихвинской обители. В 1995 г. монастырь передается РПЦ, восстанавливается Успенский собор, а в 2004 г. чудотворный образ Богородицы возвращается в родную обитель. Имеется несколько списков Тихвинской иконы, которые также прославили себя многими чудотворениями.