На территории монастыря нашли упокоение представители знатных боярских фамилий. Здесь образовались три усыпальницы, из которых частично сохранилась только одна, причем могила основателя монастыря не сохранилась. Здесь упокоились отец и мать Бориса Годунова, а также Иван Сусанин.
Последующие века монастырь продолжал существовать под покровительством царствующей династии, которая украшала обитель новыми строениями. Императоры Александр II, Александр III и Николай II посещали обитель по два раза. К 300-летию Дома Романовых памятники монастыря были отреставрированы под наблюдением Императорской Археологической комиссии, открыт музей Романовых. На празднование юбилея сюда приезжал Николай II. К этому времени монастырь (с 1744 г.) стал резиденцией Костромского епископа, и на его территории постоянно проживало лишь несколько монахов и послушников.
После революции Ипатьевский монастырь был упразднен, а его ценности национализированы. В общей сложности из монастыря было изъято более 14 кг золота и 200 кг серебра, в виде церковной утвари, драгоценных окладов икон. В 1958 г. здесь создается Костромской историко-архитектурный музей-заповедник, где проводятся реставрационные работы, возвратившие монастырю во многом утраченный перестройками вид. Тогда же из села Вежи была перевезена уникальная деревянная церковь Преображения на сваях (нач. XVIII в.), сгоревшая в 2002 г.
В 1994 г. часть территории Ипатьевского монастыря (Новый город) передается РПЦ, где образуется монашеская община. На звонницу водружаются колокола, а Антиохийский Патриархат передает в монастырь частички мощей священномученика Ипатия. Вновь святыня обретает молитвенное служение, а в исторические памятники возвращается национальный дух.
Феодоровская икона Богоматери. Богоявленский монастырь
Главной святыней Костромской земли является почитаемая Феодоровская икона Пресвятой Богородицы, столетиями прославленная многочисленными чудотворениями. Этим образом был благословлен на царство основатель династии Михаил Романов.
Образ Богородицы относится к иконографическому типу «Елеус» («Умиление») и по иконографии очень близок к Владимирской иконе Божией Матери, представленной в поясном изображении, с сидящим на правой руке Младенцем Христом. Левой щекой Он нежно прижимается к правой щеке Богородицы, создавая трогательный образ сыновней любви и материнской нежности. Небольшим отличием Феодоровской иконы от Владимирской является обнаженная до колена левая ножка Младенца. Общая сохранность неоднократно поновленной иконы сегодня достаточно низкая, на которой живопись ликов Богородицы и Христа предстают заметно потертые.