Новое прославление и широкое распространение ее почитания по всей Руси Феодоровская икона получила в конце Смутного времени, когда древним образом, по преданию, благословили на царство Михаила Романова. Долго его матушка, в иночестве Марфа, не соглашалась отпустить на царствие в лихую годину своего 16-летнего сына. Лишь когда склонили перед ней иконы: Феодоровский образ Богоматери и святых московских чудотворцев Петра, Алексея, Ионы, со словами: «…сотворите повеленное вам от Бога, не прогневайте Владыку», тогда, глубоко тронутая, инокиня согласилась. Подведя сына к Феодоровскому образу, она сказала: «Тебе, Владычице, поручаю сына моего! Да будет Твоя святая воля над ним». Избранный царь сразу был вознесен на престол, и в этот день 14 марта постановлено было совершать празднество чудотворной иконе. Скоро Михаил Феодорович украсил святой образ драгоценной ризой, а для себя повелел сделать список с иконы. В 1745 г. икону украсят новой золотой ризой, в которую поместят многочисленные драгоценные камни и бриллианты с прежнего оклада.
С конца XVIII в. немецкие принцессы, выходя замуж за русских императоров и принимая Православие, получали отчество Федоровна, в честь Феодоровской иконы, покровительницы царской династии. Так стала Марией Федоровной жена Павла I, Александрой Федоровной жена Николая I, Марией Федоровной жена Александра III, Александрой Федоровной жена Николая II.
После революции икона, лишенная драгоценного убранства, пребывала в Успенском соборе Костромы. В 1955 г. образ украсили серебряно-позолоченным окладом, отвечающим ее статусу российской святыни. После закрытия в 1964 г. Успенского собора икону поместили в церкви Воскресения Христова на Дебре, а в 1991 г. Феодоровскую икону перенесли в возвращенный РПЦ Богоявленский храм, ставшим кафедральным собором Костромской епархии.
Древний Богоявленский храм был возведен в 1565 г., но позднее его окружили пристройкой огромного красного собора, во многом поглотившего старый белокаменный храм. Он был композиционным центром размещавшегося здесь мужского монастыря, основанного еще старцем Никитой, «сродником и учеником» преподобного Сергия Радонежского. В XIX в. в опустевшую обитель переводится женский Анастасиин монастырь, основанный первой женой Ивана Грозного Анастасией, и не менее древний — Крестовоздвиженский. С этого времени объединенная обитель стала именоваться Богоявленским Анастасииным женским монастырем.
После передачи территории разоренного монастыря РПЦ здесь вновь возрождается монашеская жизнь, а первыми насельницами обители стали монахини эстонского Пюхтицкого монастыря. Именно они решили возродить древнюю обитель, которая сто лет назад принимала участие в основании их женского монастыря в Эстонии. Так история вновь возвращается на свои круги.