Строительство соборного храма Воскресения продолжилось и при царях Иоанне и Петре Алексеевичах, в регентство Софьи, когда законченный в 1685 г. собор был освящен. Тогда же обитель получила жалованную грамоту на все ее вотчины и угодья. Возведенный собор во имя Воскресения Христова полностью повторил планировку и ярусную композицию иерусалимского храма, но его декоративное оформление и многоглавие получили самостоятельную разработку. Невиданное изобилие разноцветного изразцового декора позволило создать глубоко самобытный национальный памятник. Причем основной частью здания явился грандиозный шатер над часовней Гроба Господня, который даже противоречил проводимой политике Никона, восстававшего против шатрового зодчества и стоявшего за «освященное пятиглавие». Но в данном случае он сам запроектировал наиболее грандиозный во всем древнерусском зодчестве шатер диаметром 20 м и высотой 18 м. В 1694 г. деревянные стены монастыря заменили каменной оградой с круглыми башнями на углах и рядами бойниц.
Но новый собор простоял недолго, и его полноценный облик не дошел до нашего времени. В 1723 г. без видимых причин обрушается шатровое завершение ротонды, а пожар 1726 г. усугубляет начавшееся разрушение храма. В царствование императрицы Елизаветы Петровны собор восстанавливается (1749–1759 гг.) под руководством архитектора К. Бланка по проекту В. Растрелли, украсивших его новым архитектурным убранством в стиле барокко и возведших для безопасности деревянный шатер. Благоустройство обители продолжит и Екатерина II. Собор приобретет необычайную величественность не только внешнюю, но и поразительную внутреннюю изысканность. Появившаяся лепнина и живопись хорошо гармонировали с керамическим убранством XVII в. Иконостасы были изготовлены из разноцветных изразцов с причудливыми растительными орнаментами. Изразцами была украшена и главная часовня — кувуклия, где располагался Гроб Господень. Обильный свет храмового пространства причудливо играл на изразцах, придавая им поразительную красоту. В окрестностях монастыря были воплощены топонимические названия евангельских святынь: Вифлеема, Вифании, Капернаума, горы Фавор и Елеона, а тихая речка Истра переименована в русский Иордан.
В XIX и начале XX в. монастырь становится одним из популярных мест паломничества, которое значительно возрастает после строительства рядом железной дороги. Его посещают известные деятели культуры России и Западной Европы. Здесь создается монастырский музей, в котором экспонируются личные вещи патриарха Никона, церковная утварь, древние иконы, церковные облачения. Особой ценностью отличалось книжное собрание монастыря, в котором находились Воскресенская и Никоновская летописи, Изборник Святослава 1073 г. — вторая по древности датированная русская рукопись, множество старопечатных книг XVI–XVII вв. В 1907 г. древние рукописи были переданы в Синодальную библиотеку, составив Воскресенское собрание, которое в 1920 г. оказалось в Историческом музее, где хранится и ныне.